自2023年6月，百創(chuàng )時(shí)空技術(shù)第一篇文章見(jiàn)刊至今19個(gè)月內，使用百創(chuàng )時(shí)空技術(shù)文章累計33篇，在線(xiàn)文章平均影響因子12+，涉及哺乳動(dòng)物（含人鼠）、水生（淡水及海洋）、禽類(lèi)、兩棲、林木、作物及蔬菜等26個(gè)物種，25個(gè)組織類(lèi)型，涵蓋腫瘤研究、疾病機制、再生、進(jìn)化、發(fā)育、綜述建議及技術(shù)算法等領(lǐng)域。
部分文章展示
1.腫瘤研究
中文題目：整合分子和空間分析揭示原位和侵襲性肢端黑色素瘤的進(jìn)化動(dòng)態(tài)和腫瘤免疫相互作用
發(fā)表期刊：Cancer Cell
發(fā)表年份：2024
影響因子：48.8
DOI號：10.1016/j.jhazmat.2025.137375
文章采用技術(shù)：BMKMANU S1000、WES、Multi-region sequencing、Bulk RNA seq、10X Chromium、CODEX
樣本類(lèi)型：人原位黑色素瘤（AMis）和侵襲性黑色素瘤（iAM）的腫瘤組織，相鄰正常皮膚，外周血
文章簡(jiǎn)介：
為在空間水平探究 APOE+CD163+ 巨噬細胞亞群與 EMT 腫瘤細胞的互相作用，研究人員利用百創(chuàng )S1000空間轉錄技術(shù)對10例 AM 樣本進(jìn)行了實(shí)驗（數據中能夠明確區分表皮的基底層、棘層、顆粒層以及汗腺和血管，腫瘤區域高表達黑色素基因MLANA、PMEL、TYPR?和 DCT）。
數據表明（與單細胞數據聯(lián)合分析）C3 亞型的 EMT 腫瘤細胞占比高，并且有 APOE+CD163+ 巨噬細胞的浸潤，巨噬細胞與 EMT 腫瘤細胞具有共定位特征。CellChat 互作分析驗證了 APOE+CD163+ 巨噬細胞的高度受體配體互作，與單細胞轉錄組結果高度一致（APOE+/CD163+ 巨噬細胞是空間中 IGF 通路網(wǎng)絡(luò )的發(fā)送者（sender）和影響者（Influencer））。使用空間單細胞蛋白組學(xué)對患者腫瘤免疫微環(huán)境進(jìn)行了深入分析，結果顯示APOE+CD163+ TAM和EMThigh腫瘤細胞存在高度相關(guān)的定位，這與空間轉錄組的結果一致。
2.疾病機制
中文題目：單細胞RNA測序研究全氟辛酸誘導的小鼠胚胎著(zhù)床損傷
發(fā)表期刊：Journal of Hazardous Materials
發(fā)表年份：2025
影響因子：12.2
DOI號：https://doi.org/10.1073/pnas.2310163120
文章采用技術(shù)：BMKMANU DG1000、Bulk RNA seq、LC-MS/MS
樣本類(lèi)型：鼠子宮
文章簡(jiǎn)介：
全氟辛酸（PFOA）是一種環(huán)境持久性化學(xué)物質(zhì)，對人類(lèi)健康構成顯著(zhù)風(fēng)險。研究表明PFOA會(huì )影響女性生殖，但其對子宮內膜容受性和潛在機制的具體影響尚不清楚。
該研究通過(guò)小鼠模型，研究了低劑量PFOA暴露對子宮內膜容受性的影響。結果表明，PFOA暴露顯著(zhù)損害了子宮內膜容受性，導致胚胎著(zhù)床率顯著(zhù)下降。利用單細胞RNA測序技術(shù)，研究者全面分析了PFOA破壞子宮內膜上皮細胞功能和發(fā)育的具體機制。值得注意的是，研究者發(fā)現ANGPTL（血管生成素樣）信號通路失調，這一通路對于子宮內膜基質(zhì)細胞和上皮細胞之間的通信至關(guān)重要，最終導致胚胎著(zhù)床失敗。這些發(fā)現為PFOA的生殖毒性提供了新的見(jiàn)解，并強調了針對環(huán)境污染物相關(guān)不孕癥治療干預的潛在靶點(diǎn)。
3.再生研究
中文題目：空間轉錄組測序揭示番茄愈傷組織芽再生的分子機制
發(fā)表期刊：PNAS
發(fā)表年份：2023
影響因子：10.1
DOI號：https://doi.org/10.1073/pnas.2310163120
文章采用技術(shù)：BMKMANU S1000、Stereo-seq、10X Visium、10X Chromium
樣本類(lèi)型：番茄愈傷組織
文章簡(jiǎn)介：
該研究首次揭示了番茄愈傷組織內部細胞的異質(zhì)性，并在單細胞水平上詳細解析了激素信號和重要調控因子在各種細胞和組織中的表達情況。研究結果不僅發(fā)現了表皮和芽原基細胞的亞型和功能，還揭示了綠色組織（chlorenchyma）細胞在芽原基細胞位置和分化發(fā)展中的重要作用，以及光照如何通過(guò)促進(jìn)綠色組織細胞的發(fā)育和激活雷帕霉素靶蛋白TOR來(lái)推動(dòng)芽再生過(guò)程。
4.綜述建議
中文題目：系統比較基于測序的空間轉錄組學(xué)方法
發(fā)表期刊：Nature Methods
發(fā)表年份：2024
影響因子：36.1
DOI號：?10.1038/s41592-024-02325-3
文章采用技術(shù)：BMKMANU S1000、Stereo-seq、Visium、Slide-seq V2、Salus、DynaSpatial、DBiT-seq、PIXEL-seq、Slide-tag、Curio Seeker、HDST、In situ hybridization
樣本類(lèi)型：小鼠胚胎（眼球）、成年小鼠大腦（海馬）、小鼠嗅球
文章簡(jiǎn)介：
空間轉錄組學(xué)（sST）技術(shù)使得在組織水平上測量基因表達的空間分布成為可能。然而，目前對于不同sST平臺的系統性比較研究還較為缺乏，技術(shù)之間的差異和數據集的多樣性給標準化評估指標的制定帶來(lái)了挑戰。
該研究建立了一套具有明確組織學(xué)結構的參考組織和區域，并利用這些參考組織生成數據，比較了11種sST方法。研究發(fā)現，分子擴散是不同方法和組織之間的變量參數，顯著(zhù)影響有效分辨率。
此外，空間轉錄組數據展示了單細胞數據所不具備的獨特屬性，例如增強捕獲模式化稀有細胞狀態(tài)及其特定標記物的能力，盡管這種能力受到測序深度和分辨率等多種因素的影響。該研究為生物學(xué)家選擇sST平臺提供了指導，有助于促進(jìn)評估標準的共識形成，并為未來(lái)基準測試工作建立框架，可作為開(kāi)發(fā)和評估空間轉錄組分析計算工具的黃金標準。
5.發(fā)育研究
中文題目：組織學(xué)和單細胞核轉錄組分析揭示玉米莖葉枕發(fā)育中韌皮纖維細胞的特化功能和調控葉片角度的關(guān)鍵因子
發(fā)表期刊：Molecular Plant
發(fā)表年份：2024
影響因子：27.5
DOI號：10.1016/j.molp.2024.05.001
文章采用技術(shù)：BMKMANU DG1000、Bulk RNA seq、Chip-seq、RNA原位雜交、CRISPR/Cas9
樣本類(lèi)型：玉米莖葉
文章簡(jiǎn)介：
葉片角度（Leaf Angle, LA）是影響玉米種植密度和產(chǎn)量的關(guān)鍵因素。然而，調控葉片角度形成的機制尚不清楚。該研究通過(guò)對不同玉米自交系的莖葉枕區域進(jìn)行比較組織學(xué)分析，發(fā)現葉片角度大小顯著(zhù)受到莖葉枕上表皮韌皮纖維細胞（SC）的初始伸長(cháng)和隨后的木質(zhì)化的影響。通過(guò)批量和單細胞核RNA測序，生成了莖葉枕區域的全面轉錄組圖譜，并鑒定了許多可能影響其特化為SC的下皮細胞富集基因。
此外，研究者功能驗證了兩個(gè)編碼非典型bHLH轉錄因子的基因bHLH30及其同源基因bHLH155，它們在伸長(cháng)的上表皮細胞中高表達。遺傳分析表明，bHLH30和bHLH155正向調控葉片角度的擴張，分子實(shí)驗表明它們能夠激活細胞伸長(cháng)和SC木質(zhì)化相關(guān)基因的轉錄。這些發(fā)現突出了莖葉枕上表皮SC在通過(guò)限制莖葉枕細胞的進(jìn)一步延伸和增強機械強度來(lái)調控葉片角度方面的特化功能。莖葉枕區域的單細胞核轉錄組圖譜不僅加深了研究者對葉片角度調控的理解，還為現代玉米育種中優(yōu)化植物結構提供了許多潛在靶點(diǎn)。
6.技術(shù)算法
中文題目：利用基于膜的邊界定義和提高單細胞分辨率來(lái)提高空間轉錄組學(xué)
發(fā)表期刊：Small Methods
發(fā)表年份：2025
影響因子：15.36
DOI號：?10.1002/smtd.202401056
文章采用技術(shù)：BMKMANU S1000、Stereo-seq、scRNA-seq
樣本類(lèi)型：小鼠（腦、腸和肝），球墨西哥鈍口螈（腦、腸和肝）
文章簡(jiǎn)介：
準確界定細胞邊界是空間轉錄組學(xué)（Spatial Transcriptomics, ST）的技術(shù)難題。目前常用的方法是基于細胞核染色或數學(xué)推導，這些方法要么排除了細胞質(zhì)，要么只能確定假設性的邊界。
該研究提出了一種新的細胞邊界定義方法：利用基因編碼的熒光蛋白對細胞膜進(jìn)行標記，從而能夠在組織切片上精確定位細胞內的測序位點(diǎn)和轉錄本。與基于細胞核的方法相比，這種基于細胞膜的方法顯著(zhù)增加了捕獲的基因數量，小鼠和墨西哥鈍口螈肝臟中基因數量分別增加了67%和119%。
此外，該方法獲得的表達譜與單細胞 RNA 測序（scRNA-seq）數據更為一致，顯示出更合理的聚類(lèi)和明顯的細胞類(lèi)型特異性標記。該方法還提高了單細胞分辨率，能夠更好地識別稀有細胞類(lèi)型并詳細解析墨西哥鈍口螈大腦和腸的空間域。除了常規細胞外，該方法還能夠準確識別小鼠肝臟中的多核細胞和無(wú)核細胞，展示了其分析復雜組織和器官的能力，這是以往方法無(wú)法實(shí)現的。該研究為改善空間轉錄組學(xué)提供了一種強大的工具，具有廣泛應用于生物學(xué)和醫學(xué)科學(xué)的潛力。
7.進(jìn)化研究
中文題目：追蹤空氣鳳梨從陸地到空中生態(tài)位的進(jìn)化和遺傳足跡
發(fā)表期刊：Nature Communications
發(fā)表年份：2024
影響因子：14.919
DOI號：10.1038/s41467-024-53756-7
文章采用技術(shù)：BMKMANU S1000、Stereo-seq、SMART-seq、16S rRNA測序、全基因組重測序、基因組組裝
樣本類(lèi)型：空氣鳳梨亞科植物
文章簡(jiǎn)介：
該研究以鳳梨科的空氣鳳梨亞科為模型植物，探索其起源、進(jìn)化和多樣性。通過(guò)基于核轉錄組序列的系統發(fā)育樹(shù)分析，發(fā)現核心空氣鳳梨起源于約1130萬(wàn)年前的安第斯山脈。安第斯山脈的地質(zhì)抬升推動(dòng)了空氣鳳梨向儲水型和空氣型的分化?；蚪M和轉錄組分析揭示了與儲水型和吸收性毛狀體等適應性特征相關(guān)的基因變異和丟失。此外，研究還發(fā)現了空氣鳳梨葉表皮中特定的固氮細菌群落，可能是其獲取氮素的潛在來(lái)源。該研究為理解空氣鳳梨對空中生態(tài)位的適應性進(jìn)化提供了多組學(xué)視角。
在短短19個(gè)月間，百創(chuàng )時(shí)空技術(shù)已在科研領(lǐng)域綻放出耀眼光芒，見(jiàn)刊文章數量穩步增長(cháng)，影響因子成績(jì)斐然，研究范圍橫跨多物種與多組織類(lèi)型，領(lǐng)域覆蓋更是廣泛而深入。這不僅是對百創(chuàng )時(shí)空技術(shù)先進(jìn)性與實(shí)用性的有力證明，也為眾多科研工作者開(kāi)辟了新的研究路徑。未來(lái)，百創(chuàng )時(shí)空技術(shù)會(huì )持續創(chuàng )新突破，在更多未知領(lǐng)域開(kāi)疆拓土，助力科研成果不斷涌現，為推動(dòng)生命科學(xué)進(jìn)步與技術(shù)革新貢獻更為強大的力量！?
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