BSA關(guān)聯(lián)定位分析

對于數量性狀定位的混池，通常建議混池規模為群體大小的5%-10%。不同的測序策略，混池規模會(huì )有略微的差別，重測序BSA及轉錄組BSA最低要求30個(gè)以上，SLAF-BSA最低要求50個(gè)以上。文獻報道（300樣/池&160樣/池相比）混池規模越大，定位的效果會(huì )越好。

常測序數據量越大，標記的準確性會(huì )越高，但成本也會(huì )越高，綜合考慮，在這里我們給大家提供BSA項目的最低數據量。對于SLAF-BSA，通常我們建議子代混池至少達到每個(gè)個(gè)體1×的數據量，比如混池規模為30+30，那么每個(gè)混池測至少30×；對于重測序BSA，混池規模在50以下，子代1×的數據是可以的，但是像基因組比較大的物種（如玉米），若混池規模為100+100這樣的情況，每個(gè)混池測50×也是沒(méi)有問(wèn)題的。

能做?，F在我們的BSA關(guān)聯(lián)分析是基于SNP，因為SNP在基因組上的密度要遠遠高于Indel以及結構變異，這會(huì )使我們定位更加精細。如果某一個(gè)性狀是由Indel、結構變異、導入系所引起的，那么它通常是與某些SNP連鎖發(fā)生的，通過(guò)SNP我們會(huì )找到候選區域，再在候選區域內尋找這些Indel或結構變異或導入系，來(lái)尋求決定該性狀的Indel或結構變異或導入系。

可以，對于沒(méi)有親本的混池，我們會(huì )采取ED的方法進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析。

有影響。從關(guān)聯(lián)分析的方法上，有親本的BSA我們會(huì )有兩種關(guān)聯(lián)分析方法，SNP-Index和ED，最后的定位結果是兩種方法的交集，無(wú)親本的只能用ED的方法進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析。有親本的作用是排除親本非多態(tài)性標記對定位的影響，舉例說(shuō)明一下，有一個(gè)標記在混池間是有多態(tài)性的，但在親本上是沒(méi)有多態(tài)性，如果有親本，我們的定位結果是不會(huì )有這樣的標記，但是沒(méi)有親本，定位結果中就會(huì )有這樣的標記，定位的區域會(huì )變大，假陽(yáng)性較多。

不可以，兩個(gè)不同群體所采用的閾值沒(méi)法計算。

推薦至少做兩個(gè)親本的重測序，這樣我們會(huì )提供定位區域內非同義突變基因的信息，進(jìn)一步縮小候選區域的范圍，相當于在SLAF-BSA的基礎上精細點(diǎn)，如果老師經(jīng)費允許的話(huà)，群體也做重測序效果肯定是更好的，群體的SNP信息要遠高于SLAF的，定位也會(huì )相應變精細點(diǎn)。

沒(méi)有參考基因組的話(huà)，通過(guò)SLAF我們只能關(guān)聯(lián)到一些標簽，對于老師后期的數據利用并不是特比好，而通過(guò)轉錄組可以進(jìn)行Uningene的組裝，進(jìn)而通過(guò)關(guān)聯(lián)分析獲得候選區域內的Uningene信息并進(jìn)行功能注釋?zhuān)瑢τ诶蠋熀笃跀祿眠€是比較好的。

化學(xué)誘變或者是物理誘變引起的點(diǎn)突變；野生型親本重測序+突變型子代混池測序；有參考基因組；任何發(fā)生性狀分離的家系群體。