【轉錄組+公共數據+百邁客云】三劍合璧，沖擊雙篇6分文章

高通量測序大數據的積累讓科學(xué)研究的蓬勃發(fā)展，不完全統計，截止2021年，SRA的數據已達40P以上。研究學(xué)者對數據的理解也越來(lái)越深入，思路大大開(kāi)拓。孤立的單個(gè)項目的數據分析形式越來(lái)越不能滿(mǎn)足科研的需要，基因大數據的價(jià)值已經(jīng)在很多方面超越了自己新測序項目的產(chǎn)出。但是目前已發(fā)表的高通量測序數據利用率仍然不高，很多有價(jià)值的信息被研究者所忽略。結合公共數據，可以探究某一類(lèi)基因在不同處理、不同組織、不同發(fā)育時(shí)間點(diǎn)等變化規律，增加結果可靠性，深入挖掘關(guān)鍵基因家族功能信息。另外，再mRNA-ncRNA聯(lián)合分析中，利用公共數據補充其中一種類(lèi)型的RNA測序數據也是不錯的選擇。

百邁客轉錄組生物云平臺，支持測序數據+公共數據雙類(lèi)型分析，支持原始數據一鍵式分析，更有豐富的個(gè)性化分析輔助數據深度挖掘，不需要自主搭建分析平臺投入的人力、財力及硬軟件設施，只需要一臺電腦，即可玩轉組學(xué)數據。下面分享兩篇熱乎的轉錄組+公共數據+百邁客云平臺產(chǎn)出的文章，希望給您提供些借鑒思路。

文章一

英文題目：Identification of Rhythmically Expressed lncRNAs in the Zebrafish Pineal Gland and Testis

中文題目：斑馬魚(yú)松果體和睪丸中節律性表達的lncRNAs的鑒定

期刊：International Journal of Molecular Sciences

IF：5.923

實(shí)驗材料：

測序數據：LD(14hL/10hD)條件下的3個(gè)月大的野生型斑馬魚(yú)精巢，48h內每間隔4h取樣，共12個(gè)時(shí)間節點(diǎn)，每個(gè)節點(diǎn)設置2個(gè)重復（測序分析工作由百邁客生物支持完成）

公共數據：持續黑暗條件下成年轉基因斑馬魚(yú)松果體，兩個(gè)連續的12h內，每間隔4h取樣，共12個(gè)時(shí)間節點(diǎn)

研究背景：

生物鐘已經(jīng)用各種模式生物進(jìn)行了研究，如果蠅和斑馬魚(yú)，斑馬魚(yú)模型的易獲得性以及它的幼魚(yú)、細胞、組織和器官是可光攜帶的特點(diǎn)為研究光輸入通路提供了機會(huì )。松果體是直接負責合成褪黑激素的組織，精巢是一個(gè)重要的參與多個(gè)生物學(xué)功能的器官，如產(chǎn)生配子和循環(huán)雄激素，但是已有研究對于精巢中是否存在生物鐘仍存在爭議。已有很多研究表明lncRNAs在晝夜調節終發(fā)揮重要作用，雖然這些研究推動(dòng)了對lncRNAs的理解，但在預測非編碼RNA基因的功能方面尚未取得顯著(zhù)進(jìn)展。特別是，節律性表達的lncRNAs與其編碼的多肽之間是否存在直接關(guān)系尚不清楚。本研究首次對斑馬魚(yú)精巢、松果體中的lncRNAs進(jìn)行了全面、連貫的比較分析。

研究結論：

本研究在斑馬魚(yú)中發(fā)現了700多個(gè)節律性表達的lncRNAs，并首次比較了松果體和睪丸之間節律性表達的lncRNAs。表達的lncRNAs分為晨組、晚組和夜組，我們認為，上午、晚上和夜間的lncRNAs應分別通過(guò)E-box、D-box或RORE受到晝夜時(shí)鐘的調控。正如預期的那樣，全面的啟動(dòng)子分析支持了這樣的假設，即早上、晚上和晚上的lncRNAs可能分別受到E-box、D-box和RORE元件的調控。作者還發(fā)現松果體和精巢共同表達的有14種lncRNAs?？缥锓N保守分析顯示，許多斑馬魚(yú)松果體和精巢的節律表達lncRNAs在人類(lèi)和小鼠中有著(zhù)密切的相似性，但它們中似乎沒(méi)有一個(gè)與果蠅中的任何一個(gè)lncRNAs密切相關(guān)。此外，一些lncRNAs含有具有編碼多肽的潛力的sORF。作者在松果體和精巢中發(fā)現了18個(gè)節律表達的lncRNAs，編碼數百個(gè)肽段，其中包括6個(gè)在斑馬魚(yú)、小鼠和人類(lèi)中保守的lncRNAs編碼的微肽。作者對這六個(gè)多肽的三維結構進(jìn)行了計算預測，其中5個(gè)的三維模型顯示了高度保守的α-螺旋、β-鏈和隨機卷曲，在蛋白質(zhì)數據庫中具有已知的結構域。本研究結果為斑馬魚(yú)松果體和精巢中數百種節律表達的lncRNAs提供了新的注釋和調控機制，并為他們在不久的將來(lái)的實(shí)驗研究奠定了基礎。

文章二

英文題目：Hundreds of lncRNAs Display Circadian Rhythmicity in Zebrafish Larvae

中文題目：數百種lncRNA在斑馬魚(yú)幼魚(yú)中顯示晝夜節律性

期刊：Cells

IF：6.600

實(shí)驗材料：

野生型AB品系斑馬魚(yú)交配產(chǎn)生的幼魚(yú)在正常光/暗(LD,14/10 h)的條件下，激活和引導晝夜節律系統，然后轉入恒定光照(LL)或恒定黑暗(DD)環(huán)境。在DD條件下，利用微弱的紅色手電筒在黑暗中采集樣品。所有樣品均在2分鐘內采集。
在恒定黑暗或恒定光照條件下，從受精120h后，每4小時(shí)從大約50只野生型幼魚(yú)中提取總RNA，共6個(gè)時(shí)間點(diǎn)，12組樣本。（測序分析工作由百邁客生物支持完成）

研究背景：

生物鐘是一種內源性的時(shí)間保持機制，調節獨特的24小時(shí)代謝、生理和行為節奏。生物鐘失靈與健康問(wèn)題密切相關(guān)，如睡眠障礙、精神疾病和癌癥。斑馬魚(yú)幼蟲(chóng)是透明的，受精后幾天不需要喂食，因此而產(chǎn)生的混雜效應是可以避免的，因此斑馬魚(yú)幼魚(yú)可以獨立于進(jìn)食來(lái)研究晝夜節律。之前斑馬魚(yú)松果體和精巢的研究發(fā)現26個(gè)節律性表達的lncRNAs在兩個(gè)器官中被證明是共同表達的，作者假設一些lncRNAs在斑馬魚(yú)幼魚(yú)中也有節律性表達，使用高通量測序第一次對斑馬魚(yú)幼魚(yú)數百個(gè)晝夜表達的lncRNAs進(jìn)行系統研究。

研究結論：

在本研究中，作者生成了斑馬魚(yú)幼魚(yú)的時(shí)間表達轉錄本圖譜，揭示了調控斑馬魚(yú)幼魚(yú)lncRNAs表達譜的晝夜動(dòng)態(tài)。本研究發(fā)現了3220個(gè)lncRNAs在DD和LL條件下的表達譜，鑒定了578個(gè)周期表達的lncRNAs，并使用GO、COG和KEGG途徑富集分析對其進(jìn)行注釋?zhuān)Y果表明，大多數這些節律表達的幼魚(yú)lncRNAs可能參與了關(guān)鍵的生物學(xué)過(guò)程。通過(guò)比較來(lái)自松果體和精巢的lncRNAs，發(fā)現9個(gè)(DD)和12個(gè)(LL)幼魚(yú)lncRNAs分別在斑馬魚(yú)松果體和精巢中共同表達，在這些共表達的lncRNAs編碼的多肽中，發(fā)現3個(gè)多肽(DD)和1個(gè)多肽(LL)具有蛋白質(zhì)數據庫中已知的結構域。作者研究了這些共表達的lncRNAs編碼的多肽，以預測它們的3D模型和功能。此外，對人類(lèi)、小鼠和果蠅的幼魚(yú)lncRNAs進(jìn)行了保守分析，發(fā)現斑馬魚(yú)幼魚(yú)在DD和LL條件下分別與人類(lèi)共享35和42個(gè)lncRNAs，與小鼠共享1個(gè)和4個(gè)lncRNAs。作者選擇了這三個(gè)物種共享的5種節律表達的lncRNAs進(jìn)行編碼性研究，發(fā)現了這5種lncRNAs編碼的數百種多肽，對這些保守肽研究了它們的三維模型和相應的已知結構域，發(fā)現在α-螺旋、β-鏈和隨機卷曲方面具有相似性。這些結果將幫助晝夜節律生物學(xué)家選擇晝夜表達的lncRNA，以進(jìn)行進(jìn)一步的功能研究。

通過(guò)以上兩篇文章，我們不難發(fā)現，通過(guò)測序數據結合公共數據，相同的研究切入點(diǎn)從不同的材料出發(fā)也可以獲得豐富得研究結論。這樣不僅可以發(fā)揮沉積得公共數據的使用價(jià)值，不讓它成為沉睡的數據垃圾，也可以讓靈活開(kāi)放的研究思路以高性?xún)r(jià)比得方式高效實(shí)現。正值年末，百邁客轉錄組系列產(chǎn)品促銷(xiāo)活動(dòng)火熱進(jìn)行中，無(wú)論是測序還是分析，價(jià)格優(yōu)惠，歡迎垂詢(xún)~