三代測序儀以其超長(cháng)讀長(cháng)的優(yōu)勢，在基因組組裝中備受青睞，目前廣泛應用的是PacBio三代單分子熒光測序和Nanopore三代單分子納米孔測序，因Nanopore測序讀長(cháng)更長(cháng)且通量高的特點(diǎn)，近幾年在基因組組裝應用中嶄露頭角，先后在Nature Biotechnology上發(fā)表了人的基因組、Plant cell上發(fā)表了野生番茄基因組、Nature Genetics上發(fā)表了高粱基因組等等，測序技術(shù)已相當成熟。
ONT測序結果展示
作物類(lèi)（部分）
林木類(lèi)（部分）
動(dòng)物（部分）
水產(chǎn)（部分）
中藥材（部分）
注：Species：分析的物種信息；SeqNum：各個(gè)長(cháng)度范圍內序列的數目；SumBase：指各個(gè)長(cháng)度范圍內序列的總長(cháng)度；N50Len：reads N50長(cháng)度；N90Len：readsN90長(cháng)度；MeanLen：平均reads長(cháng)度；MaxLen：最長(cháng)reads長(cháng)度；MeanQual：質(zhì)量值。
以上是總結的部分作物類(lèi)、林木類(lèi)、動(dòng)物、水產(chǎn)和中藥材的下機數據結果展示，從以上的數據不難看出，平均raeds長(cháng)度幾乎均在20Kb以上，最長(cháng)reads高達1.6Mb以上（不同樣品DNA抽提難易程度不同，會(huì )造成一定的影響）。
基因組組裝結果展示
上表中最后一列MeanQual就是下機數據的質(zhì)量值，與堿基準確度的換算公式為：準確度 = 1-10^(-Q/10)，經(jīng)計算? Nanopore下機數據單堿基的平均準確率約為86%左右，這樣經(jīng)過(guò)校正的數據再用Canu、SMARTdenovo、WTDBG等軟件進(jìn)行基因組的組裝，再經(jīng)過(guò)二代數據的polish之后，堿基的準確度可達到99.99%以上呢！
廢話(huà)少說(shuō)，直接上組裝結果！
植物（部分）
動(dòng)物（部分）
注：Species：分析的物種信息；CtgNum：contig數目；CtgLen：contig總長(cháng)度；CtgN50：contigN50長(cháng)度；CtgN90：contigN90長(cháng)度；CtgMax：最長(cháng)contig長(cháng)度；GC(%)：GC含量占比。
注：物種：分析的物種信息；Complete BUSCOs：找到完整基因數；Complete and single-copy BUSCOs：其中單拷貝基因數；Complete and duplicated BUSCOs：多拷貝基因數；Fragmented BUSCOs：預測不完整基因數；Missing BUSCOs：沒(méi)有預測出來(lái)的基因數。
評估結果顯示基因完整度均在90%以上??！說(shuō)明Nanopore數據的組裝連續性和完整性都是非常好的，是值得廣大科研工作者信賴(lài)的哦！
百邁客ONT平臺發(fā)展歷程
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