【項目文章】SLAF構建南美白對蝦高密度遺傳圖譜

本篇文章研究的物種為高雜合度的南美白對蝦，采用Illumina Hiseq 2500，PE100測序平臺，SLAF-seq簡(jiǎn)化基因組測序技術(shù)，對兩個(gè)親本及149個(gè)F1子代個(gè)體進(jìn)行測序分析。

研究結果

本研究所用的群體類(lèi)型是F1，149個(gè)個(gè)體，利用SLAF-seq技術(shù)對樣品進(jìn)行高通量測序開(kāi)發(fā)分子標記。共獲得456,620,260個(gè)reads，開(kāi)發(fā)了114,829個(gè)SLAF標簽，其中多態(tài)性標記25,140個(gè)，成功編碼的高質(zhì)量標記6359個(gè)，采用擬測交的原理構建了包含44個(gè)連鎖群的遺傳圖譜，總圖距為4,271.43 cM，平均圖距為0.7cM，其中雄性圖包含4201個(gè)標記，雌性圖包含4396個(gè)標記，中性圖包含6146個(gè)標記，同時(shí)對構建的圖譜進(jìn)行了獨創(chuàng )性的圖譜評價(jià)。

 

白對蝦部分連鎖群
結合白對蝦生長(cháng)性狀的數據分析，定位到11個(gè)與體長(cháng)緊密相關(guān)的QTL位點(diǎn)，7個(gè)與體重相關(guān)的QTL位點(diǎn)，分布于不同連鎖群上，其中只有Marker 7605與兩種性狀同時(shí)顯著(zhù)相關(guān)，對于后續的分子標記輔助育種具有很好的利用價(jià)值。

 

體長(cháng)相關(guān)的QTL

利用區間作圖法，定位到體重和體長(cháng)QTL共11個(gè)，共可解釋表型變異為38.56%。其中位于連鎖群33標記24250位置的QTL解釋表型變異達到17.9%，LOD值為6.5，為一主效QTL。

 

遺傳圖、Scaffold、BAC共線(xiàn)性比較

白對蝦是一個(gè)高雜合物種，其基因組含有80%的重復序列，其基因組組裝是一個(gè)很大的難題。本研究通過(guò)對遺傳圖譜、白對蝦初步組裝的Scaffold、BAC測序的序列進(jìn)行共線(xiàn)性比較，最終使得5922個(gè)標記錨定到5885個(gè)Scaffold上，有利于后續白對蝦的基因組組裝。

參考文獻

Genome survey and high-density genetic map construction provide genomic and genetic resources for the Pacific White Shrimp Litopenaeus vannamei .