全新的Visium FFPE空間基因表達解決方案,可以突破過(guò)去從FFPE組織中獲取空間全轉錄組基因表達信息的障礙。文無(wú)第一,武無(wú)第二,科研界亦是如此,天下武功唯快不破,想要在石蠟樣本空間轉錄組研究搶占先機,就得首先判斷自己的武器材料質(zhì)量是否合格,今天就為您提供4篇前沿FFPE空間文獻,一起來(lái)圍觀(guān)大牛都是如何解決石蠟樣本難題玩轉FFPE空間轉錄組的。
文獻一:FFPE空間轉錄組在腎透明細胞癌中的研究
文章題目:Tertiary lymphoid structures generate and propagate anti-tumor antibody-producing plasma cells in renal cell cancer
發(fā)表時(shí)間:2022年3月
發(fā)表期刊:Immunity
影響因子:31.428
發(fā)表單位:法國索邦大學(xué)Cordeliers研究院
摘要:腫瘤內三級淋巴結構(TLS)的存在與陽(yáng)性臨床結果和免疫治療癌癥的反應相關(guān)。本文針對腎透明細胞作為研究對象,采用12個(gè)冷凍切片空間轉錄組和12個(gè)FFPE切片空間轉錄組檢測腎細胞癌(RCC) TLS中b細胞應答的本質(zhì)。在TLS中B細胞大量富集,可以識別所有B細胞向漿細胞(PC)形成的成熟階段。BCR分析顯示TLS中的克隆多樣化、選擇、擴展,并存在完全成熟的克隆型。在TLS+腫瘤中,產(chǎn)生IgG和iga的pc沿著(zhù)成纖維細胞的軌跡播散到腫瘤床中。TLS+腫瘤顯示出高頻率的產(chǎn)生igg的pc和igg染色和凋亡的惡性細胞,提示其具有抗腫瘤效應。在接受免疫檢查點(diǎn)抑制劑治療的RCC患者中,治療反應和無(wú)進(jìn)展生存期與igg染色的腫瘤細胞相關(guān)。因此,瘤內TLS可能通過(guò)直接抗腫瘤作用,維持與免疫治療反應相關(guān)的B細胞成熟和抗體產(chǎn)生。讓珍稀的石蠟樣本獲取空間全轉錄組基因表達信息成為可能,加快大量臨床珍貴FFPE樣本的臨床研究轉化。
![FFPE空間轉錄組解析腎細胞癌(RCC) TLS中b細胞應答的機制[1]](http://www.runyoushoujike.com/wp-content/uploads/2022/04/20220407183135.png)
FFPE空間轉錄組解析腎細胞癌(RCC) TLS中b細胞應答的機制[1]
文獻二:FFPE空間轉錄組揭示人肺組織感染?SARS-CoV-2空間共定位
文章題目:Dual spatially resolved transcriptomics for SARS-CoV-2 host-pathogencolocalization studies in humans
發(fā)表時(shí)間:2022年3月,bioRxiv
發(fā)表單位:瑞典斯德哥爾摩SciLifeLab KTH 皇家理工學(xué)院基因技術(shù)系
摘要:關(guān)于宿主如何對病原體作出反應以及病原體感染如何成為各種生物過(guò)程和疾病狀態(tài)的基礎,仍有很多未知之處。為了促進(jìn)對細胞宿主-病原體在空間分子相互作用的理解,促進(jìn)共同捕獲宿主和病原體空間轉錄組信息的技術(shù),本文利用FFPE空間轉錄組技術(shù)從感染新冠病毒人肺石蠟包埋 (FFPE) 13個(gè)組織切片中捕獲宿主和病原體空間基因表達,驗證了對 SARS-CoV-2 的空間檢測,與 RNAScope 相比,平均特異性為 94.92%,與原位相比,平均特異性為 82.20%測序(ISS)。COVID-19 組織表現出宿主免疫反應的上調,例如炎性細胞因子、淋巴細胞和成纖維細胞標志物的表達增加。共定位分析表明,SARS-CoV-2 +斑點(diǎn)呈現出宿主 RNA 代謝、自噬、NFκB 和干擾素反應途徑的變化。該方法的未來(lái)應用將通過(guò)同時(shí)、無(wú)偏見(jiàn)地檢測兩個(gè)轉錄組,對宿主對病原體感染的反應提供新的見(jiàn)解。
![FFPE空間轉錄組解析人肺感染SARS-CoV-2 空間共定位新機制[2]](http://www.runyoushoujike.com/wp-content/uploads/2022/04/20220407183313.png)
FFPE空間轉錄組解析人肺感染SARS-CoV-2 空間共定位新機制[2]
文獻三:FFPE空間轉錄組在小鼠主動(dòng)脈中的研究
文章題目:Spatial transcriptome sequencing of FFPE tissues at cellular level
發(fā)表時(shí)間:2020年10月,bioRxiv
發(fā)表單位:耶魯大學(xué)生物醫學(xué)工程系
摘要:福爾馬林固定石蠟包埋(FFPE)組織是臨床組織庫中可存檔的標本最豐富的,但不幸的是,由于儲存過(guò)程中RNA降解,提取過(guò)程中RNA損傷,與單細胞水平的全轉錄組測序不一致。利用FFPE空間轉錄組測序技術(shù)檢測一個(gè)E10.5小鼠胚胎的空間轉錄組識別了大腦和腹部區域的所有主要解剖特征、成年小鼠的主動(dòng)脈、心房和心室組織空間基因表達特征。?在細胞水平上對FFPE樣本進(jìn)行空間轉錄組測序可能會(huì )在廣泛的生物醫學(xué)研究中提供巨大的機會(huì )。促進(jìn)了利用臨床組織標本的巨大資源來(lái)研究人類(lèi)疾病機制,并發(fā)現組織生物標志物或治療靶點(diǎn)。
![FFPE空間轉錄組解析小鼠胚胎時(shí)空圖譜[3]](http://www.runyoushoujike.com/wp-content/uploads/2022/04/20220407183437.png)
FFPE空間轉錄組解析小鼠胚胎時(shí)空圖譜[3]
文獻四:FFPE空間轉錄組在卵巢癌肉瘤中的研究
文章題目:Genome-wide Spatial Expression Profiling in FFPE Tissues
發(fā)表時(shí)間:2020年7月,bioRxiv
發(fā)表單位:瑞典KTH皇家理工學(xué)院
摘要:福爾馬林固定石蠟包埋 (FFPE) 是最普遍的長(cháng)期組織保存方法。本文利用FFPE空間轉錄組組測序檢測在小鼠大腦的冠狀切片中進(jìn)行了表達譜分析和細胞類(lèi)型映射,以展示該方法從分子角度描繪解剖區域的能力,并探索了卵巢癌肉瘤樣本中轉錄組特征的空間基因表達特征,組織形態(tài)主要是癌和肉瘤細胞的異質(zhì)混合物,散布著(zhù)脂肪小葉 以及免疫細胞浸潤、脈管系統和一些分散的沙粒體的存在,空間揭示腫瘤的癌變部位為高級別漿液性癌,呈高細胞密度巢狀形態(tài),由于乳頭融合,有許多不規則的狹縫狀空間,肉瘤成分的特征是具有增加的核異型性的纖維梭形細胞,以及腫瘤浸潤脂肪組織的全景空間表達分子圖譜。
![FFPE空間轉錄組解析卵巢癌肉瘤免疫浸潤過(guò)程[4]](http://www.runyoushoujike.com/wp-content/uploads/2022/04/20220407183745.png)
FFPE空間轉錄組解析卵巢癌肉瘤免疫浸潤過(guò)程[4]
FFPE(石蠟樣本)材料一般固定在4%-10%的福爾馬林溶液中,固定的時(shí)間不宜超過(guò)24h,時(shí)間太久容易造成RNA降解。石蠟包埋后可以保存在-80度,但是這個(gè)過(guò)程中RNA往往會(huì )發(fā)生降解,所以需要對樣本進(jìn)行嚴格質(zhì)檢流程,目前來(lái)說(shuō)FFPE空間轉錄組測序樣本需要進(jìn)行RNA提取DV200檢測、粘附性測試2個(gè)主要質(zhì)檢環(huán)節。FFPE空間轉錄組質(zhì)控標準如下:
DV200≥50%:FFPE樣本RNA提取專(zhuān)用試劑盒提取后,DV200檢測表示大于200個(gè)核苷酸的RNA片段占所有RNA片段的百分比,表明RNA沒(méi)有片段化嚴重,降解程度較輕。
RNA完整性較高:
組織粘附性高:石蠟樣本容易脫片,需要在Test玻片上貼片測試組織的粘附性,組織粘附性高時(shí),實(shí)驗成功率更高。
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參考文獻:
[1]?Meylan M, Petitprez F, Becht E, et al.,?Tertiary lymphoid structures generate and propagate anti-tumor antibody-producing plasma cells in renal cell cancer. Immunity. 2022 Mar 8;55(3):527-541.e5.
[2] Dual spatially resolved transcriptomics for SARS-CoV-2 host-pathogen colocalization studies in humans. bioRxiv, 2022,doi:https ://doi.org/10.1101/2022.03.14.484288
[3]?Spatial transcriptome sequencing of FFPE tissues at cellular level. bioRxiv,2020,doi:?https://doi.org/10.1101/2020.10.13.338475
[4] Genome-wide Spatial Expression Profiling in FFPE Tissues. bioRxiv,2020,doi:https ://doi.org/10.1101/2020.07.24.219758