代謝組學(xué)是繼基因組學(xué)和蛋白組學(xué)之后發(fā)展起來(lái)的一門(mén)組學(xué)學(xué)科,非靶向代謝組學(xué)是無(wú)偏向性對所有小分子代謝物(相對質(zhì)量小于1500)同時(shí)進(jìn)行檢測分析的代謝組學(xué)。
LC-MS是指液相色譜-質(zhì)譜聯(lián)用技術(shù),該技術(shù)對待測組分的揮發(fā)性和熱穩定性沒(méi)有要求,不需要繁瑣的衍生化步驟,樣品前處理簡(jiǎn)單,檢測溫度低,分離物質(zhì)快速、高效,是目前代謝組學(xué)研究中常用的分析技術(shù)。
此次LC-MS非靶向代謝組學(xué)產(chǎn)品升級,有大版本改變的同時(shí)也具有一些細節上的優(yōu)化。 針對流程邏輯,語(yǔ)言描述,圖片數量和質(zhì)量,英文內容,表格展示,圖表注釋和參考文獻等方面進(jìn)行了全面升級優(yōu)化。讓客戶(hù)拿到易看易讀易懂的報告,得到更滿(mǎn)意的結果。
新版具備4個(gè)新增優(yōu)化,5個(gè)亮點(diǎn),不斷升級給客戶(hù)提供高質(zhì)量的分析報告。
新增優(yōu)化
1. PCA圖分析
PCA圖現在用形狀和顏色區分更多的組,一眼就可看到組內和組間的代謝模式差別和聚類(lèi)結果。同時(shí)顯示QC樣本,通過(guò)QC更能直觀(guān)的儀器的穩定性。

圖1 所有樣本PCA分析
2. 樣本相關(guān)性分析
樣本相關(guān)性更改配色,并將組間隔開(kāi),更加直觀(guān)看出組內重復性。
通過(guò)樣品之間的相關(guān)性分析可以評估組內樣品之間的生物學(xué)重復。同時(shí)組內樣品相對組間樣品的相關(guān)系數越高,獲得的差異代謝物越可靠。
圖2 樣品Q(chēng)C相關(guān)性圖
此外,新增QC樣本間的相關(guān)性, 通過(guò)計算QC樣品之間的相關(guān)性分析可以評估下機數據整體質(zhì)量,一般認為QC樣本間相關(guān)性>0.75時(shí),數據質(zhì)量較為可靠。
圖3 樣品Q(chēng)C相關(guān)性圖
3.差異代謝物并集分析
聚類(lèi)分析(Cluster Analysis)是把相似的對象通過(guò)靜態(tài)分類(lèi)的方法分成不同的組別或者更多的子集(Subset),這樣讓在同一個(gè)子集中的成員對象都有相似的一些屬性,是一種常見(jiàn)的多元統計分析方法,通常能簡(jiǎn)單、直觀(guān)的觀(guān)察數據的總體特征。
對篩選的差異代謝物繪制層次聚類(lèi)熱圖,首先將所有比較組合鑒定出的差異代謝物取并集(Union),繪制此集合在所有樣本的聚類(lèi)熱圖
圖4 差異代謝并集聚類(lèi)熱圖
4. 差異代謝物ROC分析
ROC曲線(xiàn) (receiver operating characteristic curve) 是一種常用來(lái)篩選評估生物標記物的分析方法[9]。AUC (Area under the curve) 是衡量ROC曲線(xiàn)非常有用的度量。AUC始終在0.5(兩個(gè)類(lèi)在統計上相同)和1.0(有一個(gè)閾值可以實(shí)現類(lèi)之間的完美分離)之間,越接近1,物質(zhì)的在對照組和實(shí)驗組的分離就越明顯(即為潛在的生物標記物)。一般來(lái)說(shuō),組內生物學(xué)重復>15時(shí),ROC曲線(xiàn)才有足夠的點(diǎn)繪制折線(xiàn),才會(huì )體現出較大意義。對篩選出的各組差異代謝物單獨進(jìn)行ROC分析。
圖5 差異代謝物ROC圖及箱線(xiàn)圖
亮點(diǎn)
1. 結構調整
報告章節由原先的兩個(gè)部分改為五個(gè)部分,每個(gè)部分的分析結果都分為概述、數據來(lái)源、工具軟件、分析參數幾個(gè)部分。結果文件目錄結構進(jìn)行調整,給目錄添加編號。邏輯更清晰,更易理解整體思路。
2. 英文版本全面更新
報告添加了英文版實(shí)驗方法和分析方法,解決英文部分不全面的煩惱。為老師后續英文投稿寫(xiě)作提供參考。
3.圖表注釋優(yōu)化
圖表注釋全面更新,讓每一個(gè)客戶(hù)通過(guò)注釋后都能看懂圖,讀懂表。
4. 語(yǔ)言表述優(yōu)化
新版報告的語(yǔ)言整體優(yōu)化,增加詳細過(guò)程,以通俗的內容讓客戶(hù)易懂,更清楚具體內容。
5. 文獻擴充
文獻補充,精心挑選有參考價(jià)值的文獻,讓整篇報告有據可依,為老師后續發(fā)文章提供參考依據。
以上就是百邁客代謝LC-MS非靶向代謝組學(xué)升級優(yōu)化的重要內容,百邁客也將不斷持續更新分析流程,滿(mǎn)足您多樣化的分析需求。
此外質(zhì)譜產(chǎn)品年底活動(dòng)優(yōu)惠活動(dòng)正在進(jìn)行!