非靶向代謝組(untargeted metabolomics)是一種常用廣泛篩選的代謝物的的代謝組學(xué)研究方法,作為表觀(guān)的最直接體現者,近年來(lái)來(lái)一直深受各位學(xué)者的追捧。隨著(zhù)檢測技術(shù)手段的不斷升級,為了提供更好更高質(zhì)量的代謝組學(xué)數據,?不斷的加大研發(fā)的力度,提升非靶向代謝組的檢測質(zhì)量,以挖掘到樣本中更多更準代謝物信息,如何在7天內快速做完一個(gè)非靶向代謝組的項目?
選用超優(yōu)的平臺
首先要選用高分辨Water Q-TOF質(zhì)譜平臺和成熟穩定的質(zhì)控體系,提供準確優(yōu)質(zhì)數據,平臺特點(diǎn):
- 雙離子ESI源,專(zhuān)利LockSpray實(shí)時(shí)在線(xiàn)矯正技術(shù)(高穩定性)—數據可靠
- StepWave 技術(shù),保證滿(mǎn)足痕量檢測的要求(高靈敏度)—低豐度物質(zhì)(新物質(zhì),不曾報道的,好發(fā)文章)
超全的數據庫
欲善其事必先利其器,數據庫是代謝物定性的根本利器,百邁客對本地數據庫不斷升級擴大,升級后本地數據庫物質(zhì)5000+代謝物,自建庫在行業(yè)中位居前列。
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畫(huà)圖工具
文獻里面好看又直觀(guān)的的美圖是如何制作出來(lái)噠?比如韋恩圖、箱形圖等。這就需要用到一些畫(huà)圖工具,這里推薦百邁客云在線(xiàn)分析工具,百邁客云有104款分析小工具,涵蓋基因分析、遺傳進(jìn)化、ncRNA、質(zhì)控、組裝、比對、數據提取、突變、統計、表格處理、繪圖、序列分析等12大功能,非常齊全。
代謝組可以反映生物體表型的狀態(tài)變化。代謝組與轉錄組、蛋白組的多組學(xué)聯(lián)合分析可以同時(shí)實(shí)現從多個(gè)層面來(lái)探究生物學(xué)問(wèn)題,相互間進(jìn)行驗證,從海量的數據中篩選出關(guān)鍵基因、蛋白質(zhì)及代謝通路,解釋生物過(guò)程的復雜性和整體性,提高文章的水平。下面為大家推薦幾篇代謝組多組學(xué)聯(lián)合分析的文獻。
案例一
期刊:Journal of Hazardous Materials
IF:14.224
單位:河南科技學(xué)院?河南農業(yè)大學(xué)
研究方法:代謝組學(xué)?轉錄組學(xué) 蛋白質(zhì)組學(xué)
案例二
期刊:Frontiers in Plant Science
IF:6.627
單位:黑龍江八一龍墾大學(xué)
研究方法:非靶代謝組學(xué)+轉錄組學(xué)
案例三
單位:西南大學(xué)
期刊:Environmental and Experimental Botany
IF:6.028
研究策略:轉錄組 +代謝組+ICP-MS離子組學(xué)
案例四
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單位:中國科學(xué)院西北生態(tài)環(huán)境資源研究所
期刊:International Journal of Molecular Sciences
IF:4.556
研究策略:微生物組學(xué) +代謝組學(xué)
案例五
單位:四川農業(yè)大學(xué)
期刊:Frontiers in Plant Science
IF:6.627
研究策略:轉錄組學(xué) +代謝組學(xué)
案例六
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單位:甘肅農業(yè)大學(xué)
期刊:Frontiers in Microbiology
IF:6.064
研究策略:轉錄組學(xué) +代謝組學(xué)+微生物組學(xué)
案例七
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單位:石河子大學(xué)
期刊:Frontiers in Plant Science
IF:6.627
研究策略:轉錄組學(xué) +代謝組學(xué)+微生物組學(xué)
案例八
單位:新鄉醫學(xué)院
期刊:Science of the Total Environment
IF:10.753
研究策略:微生物多樣性+代謝組
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百邁客生物代謝組項目?jì)?yōu)勢
超廣項目經(jīng)驗
百邁客近一年已完成非靶代謝組項目經(jīng)驗2w+,為使老師更直觀(guān)的認知百邁客非靶向代謝組產(chǎn)品,我們對2022年300多個(gè)項目數據進(jìn)行了統計,包含物種信息、樣本類(lèi)型及檢出通量。
- 超全樣本類(lèi)型
物種類(lèi)型涵蓋豐富,包括動(dòng)物,植物,微生物,細胞類(lèi)型樣本,小編整理一下近半年的部分樣本類(lèi)型展示如下表。
樣本 | 物種 | 樣本 | ? | 樣本 | 物種 |
植物 | 法國梧桐 | 動(dòng)物 | 虹鱒 | 微生物 | 阿薩希絲孢酵母 |
三色堇 | 小鼠 | 凝結芽孢桿菌 | |||
桃 | 綿羊 | 土壤 | |||
茶樹(shù) | 兔子 | 紅曲霉 | |||
麥冬 | 斷奶仔豬 | 微生物 | |||
桑樹(shù) | 人 | 濃香型大曲 | |||
野牛草 | 兔子 | 酒醅 | |||
鐵皮石斛 | 鴿 | 梭菌 | |||
絹蒿 | 小鼠 | 真菌 | |||
青稞 | 黇鹿 | 芽孢桿菌 | |||
紫蘇 | 大黃魚(yú) | 酵母菌 | |||
杜仲 | 草地貪夜蛾 | 鏈霉菌 | |||
玉米 | 麥蛾柔繭蜂(蛹) | 其他 | 細胞 | ||
紫花苜蓿 | 貽貝 | ….. | |||
青稞(大麥) | 小金蝠蛾 | ||||
菊花 | 雞 |
- 超高檢測通量
小編統計了2022年近兩個(gè)月的植物樣本的非靶物質(zhì)檢出情況,植物樣本中二級鑒定到的物質(zhì)數量最高4700,平均檢出3199個(gè)物質(zhì),隨后隨機抽取了20個(gè)項目,涉及不同物種,針對植物樣本中二級鑒定到的物質(zhì)數目,繪制成了以下:
超高檢測穩定性
小編對部分植物項目的檢出情況進(jìn)行了歸納,得到了各個(gè)檢出水平的項目占比,具體如下圖:
從圖可以看到植物樣本,85%以上的項目二級檢出物質(zhì)數均在2000+個(gè)以上,65%以上的項目二級檢出物質(zhì)數均在3000個(gè)以上,通過(guò)這些項目實(shí)測數據足以看出,百邁客非靶產(chǎn)品對代謝物鑒定具有強大檢測能力!
?超全物質(zhì)覆蓋度
非靶向代謝組學(xué)技術(shù)無(wú)偏向性捕獲代謝物數據,小編統計了部分項目,主要檢出類(lèi)別如下表:
Class | 分類(lèi) | Class | 分類(lèi) |
Organooxygen compounds | 有機氧化合物 | Nucleotides and derivatives | 核苷酸及其衍生物 |
Carboxylic acids and derivatives | 碳水化合物及其衍生物 | Organonitrogen compounds | 有機氮及其衍生物 |
Coumarins and derivatives | 香豆素及其衍生物 | isflavoids | 異黃酮 |
Benzene and substituted derivatives | 苯及其取代衍生物 | fatty acids | 脂肪酸類(lèi) |
Flavonoids | 黃酮類(lèi)化合物 | glycerolipids | 甘油脂類(lèi) |
Phenols | 酚類(lèi)化合物 | glycerophospholipids | 甘油磷脂類(lèi) |
Indoles and derivatives | 吲哚及其衍生物 | sphingolipids | 鞘脂類(lèi) |
Aminno acids and derivatives | 氨基酸及其衍生物 | prenol lipids | 孕烯醇酮脂類(lèi) |
Carboxylic acids and derivatives | 羧酸及其衍生物 | saccharolipids | 糖脂類(lèi) |
……. | ……. | …… | ….. |
百邁客開(kāi)學(xué)季活動(dòng)火熱進(jìn)行中,開(kāi)學(xué)鉅惠!
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