ONT 測序（Oxford Nanopore Technologies，簡(jiǎn)稱(chēng)ONT）是新一代基于納米孔的單分子實(shí)時(shí)電信號測序技術(shù)。自從2017年3月開(kāi)啟ONT平臺研發(fā)立項以來(lái)，百邁客不斷探索與前進(jìn)，一路披荊斬棘，經(jīng)過(guò)近四年時(shí)間的沉淀與磨礪，現已成績(jì)斐然。
近日，ONT官方再次更新PromethION測序芯片，該芯片將有效提升單cell測序產(chǎn)量，為更快速獲得更多數據提供可能（詳情點(diǎn)擊：【NCM 2020大會(huì )快訊】99.1％單序列準確度，PromethION測序10 Tb數據新記錄，更多詳細內容請看NCM2020大會(huì )視頻：https://v.qq.com/x/page/q3210vougvi.html）。2020年12月25日，全新測序芯片成功抵達百邁客青島分公司，在快馬加鞭下現已成功完成搶鮮測試。接下來(lái)將由小編帶領(lǐng)大家看看ONT更新后的實(shí)際效果吧！
關(guān)于產(chǎn)量
三代測序儀以其超長(cháng)讀長(cháng)的優(yōu)勢，在基因組學(xué)中備受青睞。Nanopore平臺借助單個(gè)分子通過(guò)納米孔時(shí)引起孔兩側電位差來(lái)實(shí)現信號檢測，從而實(shí)現測序。因Nanopore測序讀長(cháng)更長(cháng)且通量高的特點(diǎn)，近幾年在基因組組裝應用中嶄露頭角。
百邁客全新R9芯片單cell數據量由之前的97Gb提升至178 Gb，產(chǎn)量提升近2倍。R10芯片單cell數據量也達到了80 Gb。更長(cháng)的讀長(cháng)，更高的產(chǎn)量將使得高重復大基因組更易被解析。
表1 同一樣品不同芯片對比產(chǎn)出情況（Denovo 30Kb 文庫）
表2 不同樣品及試劑盒產(chǎn)出情況統計
關(guān)于質(zhì)量值
本次更新不僅是有了量的突破，同時(shí)也有了質(zhì)的飛躍，Oxford Nanopore近期發(fā)布了一款名為Bonito CRF的新算法，基于大數據進(jìn)行準確度訓練，可有效提高對單條讀長(cháng)序列識別（在DNA單分子上確定堿基序列過(guò)程）的準確性。通過(guò)與最常用的basecalling軟件比對可以發(fā)現，Bonito可以有效提升序列識別的準確性，使得高準確性基因組組裝成為可能。
表3 新舊Basecalling軟件對同一數據識別準確性比對
為了比較兩種新版本測序芯片準確性情況，百邁客研究團隊對新版本R9與R10芯片進(jìn)行basecalling，結果不難發(fā)現同一芯片下，Bonito比Guppy提升了~9%，而R10準確性已突破90%。
表4 新R9.4.1及R10 basecalling結果比對
圖1 同一樣本R9.4.1 vs R10 原始產(chǎn)出質(zhì)量值對比
Bonito下R10準確率數據統計，容小編在這里小小的賣(mài)個(gè)關(guān)子，下次揭曉謎底~ 可以預見(jiàn)的是，R10結合Bonito將在更廣泛的基因組范圍內獲得一致的高精度結果！后續小編將會(huì )系統的展示高質(zhì)量下基因組的組裝結果及情況，后續更多數據及結果敬請期待！
百邁客作為ONT全球戰略合作伙伴，將繼續為所有的科研工作者提供更長(cháng)更準的測序及分析服務(wù)。
百邁客與ONT戰略合作簽約合影
（右下：百邁客CEO鄭洪坤先生；左下：牛津納米孔CEO Gordan Sanghera博士）
百邁客自2018年8月與牛津納米孔公司達成長(cháng)期合作，擁有MinION、GridION X5和PromethION三種型號全套納米孔測序儀。更是中國大陸全部通過(guò)PromthION/GridION平臺及DNA/RNA產(chǎn)品官方認證的公司。
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