百邁客再次引進(jìn)三代測序平臺PacBio Sequel Ⅱ

PacBio SMRT測序原理

目前市面上的Pacbio平臺有：PacBio RSⅡ、PacBio Sequel、PacBio Sequel Ⅱ三種，其原理相同。隨著(zhù)新平臺發(fā)布，測序的通量會(huì )提升，單G成本會(huì )降低。

?Sequel II 相較于前代產(chǎn)品，在通量提升成本降低的同時(shí)，也提供了新的測序模式

1、新的測序模式：CLR與CCS文庫

當前Sequel II平臺可提供CLR Library和CCS library（HIFI）兩種測序模式。

CLR Library與之前廣為理解的測序文庫相同，采用15 Kb、20 Kb、30 Kb等長(cháng)片段類(lèi)型的DNA片段進(jìn)行文庫構建，通過(guò)獲得Subreads來(lái)進(jìn)行下一及應用拓展。

CLR Library 測序原理

新提供的CCS文庫，即采用如8Kb，10Kb等小片段文庫，進(jìn)行單一片段多輪測序的方式來(lái)提升準確性。由于Pacbio的原始錯誤為隨機錯誤，可通過(guò)CCS模式進(jìn)行自身糾正，來(lái)提升數據的準確性，先前ISO-seq就是CCS文庫的典型應用。CCS reads無(wú)需二代數據再次糾錯，具有較高準確性，為基因組組裝，高精度基因組注釋、變異檢測等應用提供了更有利的支持。據官方數據，同一片段測序4次后，單一read的準確性可達99%。

CCS Library（HiFi）測序原理

2、數據量產(chǎn)出提高

Sequel II 相比于前代測序平臺Sequel，主要變化是測序芯片上的導孔（ZMW）由原始的100萬(wàn)個(gè)提升至800萬(wàn)個(gè)，理論通量直接提升8倍，進(jìn)而提升了單Cell數據產(chǎn)量，成本也隨之越低！

Sequel II與Sequel平臺比對

百邁客利用某海洋動(dòng)物樣本通過(guò)構建相同文庫，進(jìn)行不同平臺的數據測試。通過(guò)構建20 Kb的文庫，同時(shí)在Sequel與SequelⅡ上進(jìn)行上機測序，數據產(chǎn)出結果如下所示：

Subreads 數據比對統計

注：Subreads是產(chǎn)出的所有subreads數據集；Reads Num：reads數目；Total Bases (bp)：堿基總數；Reads N50 (bp)：將reads從長(cháng)到短排序，并依次相加，當加和等于總堿基數目一半時(shí)對應的那條reads長(cháng)度即為reads N50；Mean Length (bp)：reads的平均長(cháng)度；Longest Read (bp)：最長(cháng)read的長(cháng)度。

結果統計表中我們可以看到，Sequel Ⅱ平臺ZMWs數量較Sequel平臺的提升至其8倍，而單cell的總數據量產(chǎn)出由原始的11.6 Gb/cell提升至103.3 Gb/cell，整整高出了約8倍！而在平均讀長(cháng)，最長(cháng)讀長(cháng)，Reads N50 方面未有太大變化。2個(gè)平臺的讀長(cháng)分布情況如下圖所示：

PacBio sequel讀長(cháng)分布

PacBio Sequel Ⅱ讀長(cháng)分布

【百邁客三代測序平臺展示】

小結

百邁客自2015年引入Pacbio測序平臺后，在三代測序領(lǐng)域已擁有大量項目經(jīng)驗及成功案例。依托于豐富的項目經(jīng)驗，此次平臺引入將更好的服務(wù)于用戶(hù)，為用戶(hù)提供更加全面，更加快速，更具性?xún)r(jià)比的服務(wù)與選擇。更多詳情請咨詢(xún)400-600-3186及當地銷(xiāo)售！

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【百邁客合作項目成果展示】