研究背景
microRNA(miRNA)通過(guò)抑制靶基因的翻譯來(lái)調節基因表達。之前的工作已經(jīng)確定了miRNA在調節血管平滑肌細胞(vascular smooth muscle cell,VSMC)活性中的作用。環(huán)狀RNA(circRNA)是否參與VSMC中miRNA活性的調節尚不清楚。
研究目的
識別與VSMCs富含的miRNA相互作用并調控細胞活性的circRNA。
研究方法和結果
1)公共數據挖掘:
已發(fā)表人VSMCs RNA-seq數據鑒定所有VSMCs生物學(xué)重復中共有的穩健表達的circRNA;
2)RNA-seq:
小鼠主動(dòng)脈的三個(gè)生物學(xué)重復(RNA提取前去除了內膜和外膜層),鑒定人類(lèi)和小鼠VSMCs之間保守的circRNA;
3)靶向miRNA分析:
對于之前在VSMC具有重要生物學(xué)作用的miRNA,至少包含其中2個(gè)miRNA的保守結合位點(diǎn):只有一個(gè)circRNA具有miR-145-5p結合位點(diǎn),在小鼠和人之間是保守的。(小鼠中已被命名為circ_1529,人類(lèi)中命名為circ_8932,其來(lái)源基因為L(cháng)rp6,其至少具有7個(gè)miR-145-5p結合位點(diǎn))
4)驗證VSMC中富含circ_Lrp6:
divergent primer擴增cDNA和gDNA,驗證其來(lái)源于可變剪接;RNAse R抗性檢測;放線(xiàn)菌素D處理抑制轉錄證實(shí)circRNA的穩定性(更長(cháng)的turn-over時(shí)間);qRT-PCR檢測各組織中circ_Lrp6表達水平并結合RNA-seq數據進(jìn)行分析:circ_Lrp6和Lrp6在血管中富集。
5)Circ_Lrp6是miR-145的海綿分子
共定位實(shí)驗:若二者互作應共定位,原位雜交和核/細胞質(zhì)分離評估它們在小鼠原代VSMC中的定位,在細胞質(zhì)中高度富集;
評估circ_Lrp6對miR-145活性影響:構建circ_Lrp6過(guò)表達和shRNA載體,雙熒光素酶報告基因試驗,證實(shí)circ_Lrp6對Itgβ8等miR-145各靶基因的作用直接依賴(lài)于miR-145與共靶mRNA 3’UTR的結合。
circ_Lrp6與miR-145直接結合:AGO2 IP實(shí)驗驗證二者與AGO2結合(circRNA與miRNA的結合由AGO2介導);RIP實(shí)驗驗證二者之間直接結合;等。
6)circ_Lrp6在VSMC中的生物學(xué)作用
LOF和GOF實(shí)驗:劃痕實(shí)驗等證實(shí)circ_Lrp6沉默降低遷移能力和損害細胞增殖,增加了VSMC分化標志物平滑肌肌動(dòng)蛋白和轉運蛋白。rescue實(shí)驗進(jìn)一步證實(shí)上述發(fā)現;
血小板衍生生長(cháng)因子(PDGF-BB)和轉化生長(cháng)因子(TGF-β)分別處理VSMC,在TGF-β處理的細胞中circ_Lrp6和miR-145表達之間存在負相關(guān)。
驗證circ_Lrp6和miR-145表達是否隨病理改變:缺氧有助于血管疾病的發(fā)病機理,缺氧與強烈下調的miR-145相關(guān)。
7)Circ_Lrp6與血管疾病
不同病理狀況circ_Lrp6和miR-145表達分析:例如動(dòng)脈粥樣硬化血管患者中,miR-145的表達顯著(zhù)降低,但circ_Lrp6沒(méi)有顯著(zhù)變化,在復雜的病理學(xué)中兩個(gè)ncRNA在基因表達方面解離。
評估circ_Lrp6調節是否可能影響小鼠血管損傷模型中的病理反應,檢測了在A(yíng)poE-/-小鼠頸動(dòng)脈狹窄模型中特異性敲低circ_Lrp6的抗增殖作用。
綜上,兩種ncRNA在小鼠和人類(lèi)疾病的血管病變中受到不同的調節,并且circ_Lrp6的調節可能影響血管疾病的發(fā)展。
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