時(shí)光不經(jīng)用，抬眼是年終。對于百邁客來(lái)說(shuō)2022年是收獲的一年，這一年百邁客共助力近60篇基因組Denovo研究成功見(jiàn)刊，喜擁4篇Nanture genetics，平均每周新增1+；平均影響因子10+！
成功助力泛基因組系列分析
合作單位：華中農業(yè)大學(xué)
影響因子：41.307
研究?jì)热荩夯贜anopore平臺構建了覆蓋所有二倍體棉花基因組類(lèi)型的泛基因組和泛三維基因組圖譜，揭示了染色質(zhì)結構的變化與棉花纖維的表型間的關(guān)系。并聯(lián)合轉錄組、群體進(jìn)化、GWAS等研究揭示了棉花基因組進(jìn)化史，解碼纖維長(cháng)度遺傳基礎的調控變異。該研究將助力破解優(yōu)質(zhì)棉育種的瓶頸問(wèn)題，為其他植物種屬水平的種質(zhì)資源演化和性狀形成機制研究提供參考。
合作單位：中國農業(yè)科學(xué)院作物科學(xué)研究所
影響因子：41.307
研究?jì)热荩夯赑acBio等技術(shù)構建了中國豌豆主栽品種“中豌6號”的高質(zhì)量基因組（3.8 Gb）。通過(guò)118 個(gè)栽培和野生豌豆種質(zhì)群體分析，解決了豌豆屬物種劃分的爭議。QTL分析鑒定出與粒型、株高等相關(guān)的候選基因。隨后構建了栽培和野生豌豆種質(zhì)的泛基因組，發(fā)現大部分泛基因組多樣性主要存在于不同物種和遺傳分組之間，近緣野生種和地方種表現出豌豆育種資源的重要潛力。該研究為豌豆起源馴化、基因挖掘、種質(zhì)創(chuàng )新和育種改良提供了寶貴資源。
合作單位：東北師范大學(xué)
影響因子：21.949
研究?jì)热荩航M裝了所有山羊草屬Sitopsis組的5個(gè)物種的染色體水平基因組、無(wú)芒山羊草（Aegilops mutica）的基因組用于系統發(fā)育分析。研究結果表明，六倍體普通小麥中的B套亞基因組的供體可能是一個(gè)已經(jīng)滅絕的山羊草屬Sitopsis組二倍體物種。五個(gè)Sitopsis組物種基因組大小的差異主要是由于獨立的物種分化后轉座子擴張所導致的。作者還鑒定了一系列與重要農藝性狀相關(guān)的Sitopsis基因，可用于未來(lái)小麥的育種改良。這些新組裝的基因組資源為小麥-山羊草復合群的演化和遺傳改良提供了重要的研究思路。
合作單位：沈陽(yáng)農業(yè)大學(xué)
影響因子：13.263
研究?jì)热荩夯贜anopore平臺構建了12個(gè)高質(zhì)量水稻基因組（contigN50 8.77-15.84Mb）。通過(guò)全基因組比對分析找尋大量的結構變異（SVs），發(fā)現SV相關(guān)基因可能在葉綠體膜系統中發(fā)揮重要作用，顯性L(fǎng)TG1的水稻品種比具有其他類(lèi)型等位基因的水稻品種更耐低溫，說(shuō)明LTG1在調節水稻耐寒性中起著(zhù)關(guān)鍵作用。豐富的基因CNVs是水稻遺傳多樣性的一個(gè)重要特征，研究發(fā)現GNP1的拷貝數變異（CNVs）可能與水稻粒數相關(guān)。本研究為擴寬粳型栽培稻的遺傳多樣性、進(jìn)一步提升育種潛力提供遺傳基礎。
合作單位：北京市農林科學(xué)院林業(yè)與果樹(shù)研究所
影響因子：6.6267
研究?jì)热荩阂粤止灾鬟x育的特色板栗良種 ‘燕紅’、‘燕山早生’和‘黑山寨7號’為試驗材料，構建三個(gè)高質(zhì)量染色體水平的板栗基因組。通過(guò)全基因組比對分析，尋找三個(gè)樣本基因組間的存在/缺失變異（PAV）信息，基因家族GBSS II的擴張可能與板栗糯性相關(guān)。并構建了板栗基因組數據庫，為瀏覽基因組、搜索序列和設計引物提供了工具。為實(shí)現早熟、抗旱及宜機械化修剪的優(yōu)質(zhì)板栗品種的聚合育種打下基礎。
突破多倍體疑難
合作單位：福建農林大學(xué)
影響因子：41.307
研究?jì)热荩和ㄟ^(guò)PacBio HiFi模式完成了甘蔗細莖野生種割手密Np-X（2n=4x=40）10組同源染色體的共40條染色體基因組。推演了x = 8中出現的“雙著(zhù)絲?！爆F象，并推斷Np-X（x=10）最有可能代表祖先的核型。102份割手密的重測序顯示，割手密起源于印度北部的一個(gè)x=10的祖先，然后傳播到印度次大陸、中國和東南亞的四個(gè)主要群體。本次研究提供了同源四倍體甘蔗割手密的基因組資源，提出了加速甘蔗改良的新方向，并擴展了對同源多倍體進(jìn)化的認識。
合作單位：湖南師范大學(xué)
影響因子：7.3637
研究?jì)热荩簶嫿烁哔|(zhì)量的異源四倍體鯽鯉F22代基因組（2.95Gb）。與親本紅鯽和鯉比較，發(fā)現異源四倍體個(gè)體中200條染色體一半來(lái)自于紅鯽一半來(lái)自于鯉，同源染色體間存在重組交換現象。推測DNA修復和減數分裂重組等機制在異源四倍體鯽鯉品系形成過(guò)程中共同發(fā)揮作用。交個(gè)體中紅鯽和鯉來(lái)源基因在表達和DNA甲基化層面存在多種變化特征。本研究為后續進(jìn)一步揭示通過(guò)遠緣雜交形成的其它可育品系的遺傳特性提供了重要的參考。
破譯苦瓜T2T基因組
合作單位：中國農業(yè)科學(xué)院蔬菜花卉研究所
影響因子：7.291
研究?jì)热荩夯诟呱疃鹊腍iFi reads組裝以及Hi-C輔助染色體掛載，最終完成296 Mb金鈴子端粒至端?；蚪M的組裝（contigN50=25.3 Mb；掛載率99.87%）。并聯(lián)合轉錄組、代謝組、ATAC-seq等技術(shù)，揭示了‘金鈴子’基因組組成和進(jìn)化關(guān)系以及果實(shí)生長(cháng)發(fā)育的分子調控機制，進(jìn)一步細化了苦瓜亞種材料差異表型的基因組變異特征，以及果實(shí)品質(zhì)的關(guān)鍵信息。
組學(xué)聯(lián)合深入挖掘
合作單位：華南農業(yè)大學(xué)
影響因子：41.307
研究?jì)热荩夯诶笾Γ↙itchi chinensis）基因組的高度雜合（~2.27%），構建了兩套高質(zhì)量“妃子笑”單倍型基因組（470 Mb）。72份荔枝重測序分析發(fā)現，來(lái)自云南的一個(gè)野生群體的極早熟荔枝品種主要與“妃子笑”的其中一個(gè)單倍型對應；來(lái)自海南的一個(gè)野生群體的晚熟荔枝品種則與另外一個(gè)單倍型對應。早熟荔枝品種可能是極早熟荔枝品種與晚熟荔枝品種的雜交形成的，在廣東培育而成。包含一對CO-like基因的3.7kb序列的缺失變異可能調控著(zhù)不同荔枝品種間的果實(shí)成熟差異。
合作單位：華中農業(yè)大學(xué)
影響因子：23.178
研究?jì)热荩荷浇鸶?( Fortunella hindsii) 是金柑屬的一種常綠野生果樹(shù)，本研究利用山金柑品系Sy3-45為材料構建了高質(zhì)量基因組和遺傳群體，實(shí)現了金柑屬無(wú)融合生殖關(guān)鍵基因的定位。結合柑橘不同屬材料的全基因組重測序數據，進(jìn)一步解析了金柑屬和柑橘屬無(wú)融合生殖表型的平行進(jìn)化機制。該研究發(fā)現，雜交起源的柑橘群體能夠通過(guò)無(wú)融合生殖來(lái)保持雜交優(yōu)勢，并導致無(wú)融合生殖的關(guān)鍵MITE插入以雜合子形式存在，首次提出了無(wú)融合生殖在柑橘分化和馴化過(guò)程中的重要作用。
合作單位：中國林科院林業(yè)研究所
影響因子：13.263
研究?jì)热荩和瓿闪藢γ晒派臣哔|(zhì)量基因組組裝（Size 849 Mb；contigN50 2.15 Mb）。結合比較基因組、轉錄組、代謝組以及重測序等方法，揭示了額外的全基因組復制事件促進(jìn)了沙棘脂肪酸和抗壞血酸生物合成相關(guān)基因的擴張，并篩選到調控沙棘果實(shí)不飽和脂肪酸和抗壞血酸含量的關(guān)鍵基因，這些基因受到沙棘基因組WGD的擴張并伴隨基因組分離重組而分散在不同染色體上。本研究為為探索胡頹子科的進(jìn)化和分子育種提供了寶貴的資源。
不僅如此，地椒、蔓菁、藍莓、諸葛菜、龍腦香、金銀花、北馬兜鈴、甘菊、川桑、枇杷、龍眼等具有重要經(jīng)濟價(jià)值/藥用價(jià)值物種，也在百邁客的助力下被成功破譯。
截至目前，百邁客已有10余年的基因組+群體研究經(jīng)驗，合作發(fā)表基因組系列文章160余篇，IF 1600+；還有更多項目正在投稿中，相信不久將會(huì )收到更多的喜報。百邁客——全力打造基因組組裝專(zhuān)家！
2022年是突破的一年
① 百邁客實(shí)現基因組分析上云，全自動(dòng)調研圖分析可極速高效辨析材料基礎信息，更有組裝/比較基因組等APP助力個(gè)性化數據可視化挖掘！
② 百邁客HiFi產(chǎn)出屢破新高！基因組組裝質(zhì)量再沖云霄！百邁客現已成功搭建高質(zhì)量T2T基因組、單倍型基因組、泛基因組、全基因組甲基化等分析平臺，全面滿(mǎn)足多樣化基因組分析需求，為科研助力！
③ 百邁客再度與PacBio深度合作簽訂Revio測序儀，引領(lǐng)三代測序走向新篇章！百邁客青島實(shí)驗室中現已有十余臺PacBio 測序儀，相信在Revio的加持下，將更好的為國內外科研單位提供全面、快速、具性?xún)r(jià)比的優(yōu)質(zhì)服務(wù)。
尾聲
凡為過(guò)往，皆為序章，且聽(tīng)風(fēng)吟，靜待花開(kāi)，2023我們將砥礪前行，再續新篇!
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