百邁客Nanopore產(chǎn)出新記錄！

（百邁客CEO鄭洪坤先生等與Oxford Nanopore 商業(yè)運營(yíng)副總裁Richard等合影）

2019年1月23日，Oxford Nanopore Technology公司（以下簡(jiǎn)稱(chēng)ONT）技術(shù)團隊再次來(lái)訪(fǎng)北京百邁客生物科技有限公司，并就ONT平臺發(fā)展，公司戰略等進(jìn)行深入的合作交流。此次來(lái)訪(fǎng)，ONT技術(shù)人員宣布：當前用戶(hù)中，PromethION單Cell產(chǎn)出記錄由百邁客產(chǎn)生（162 Gb/Cell）！

Nanopore平臺是新興的實(shí)時(shí)單分子納米孔測序技術(shù)平臺：借助單個(gè)分子通過(guò)納米孔時(shí)引起孔兩側電位差來(lái)實(shí)現信號檢測，納米孔的直徑僅允許單個(gè)核苷酸聚合物通過(guò)，而ATCG四種堿基的帶電性質(zhì)不同，因此通過(guò)電信號差異特征即可檢測出通過(guò)納米孔的堿基類(lèi)型，從而實(shí)現測序。

慕然回首，距離百邁客開(kāi)啟Nanopore研發(fā)項目已經(jīng)近2年時(shí)間，各方面的技術(shù)與平臺服務(wù)已經(jīng)十分成熟當前已經(jīng)有3臺ONT測序通量的PromethION在百邁客投產(chǎn)（了解詳情）。

關(guān)于平臺是否好用？技術(shù)是否成熟？項目經(jīng)驗豐富嗎？百邁客實(shí)力究竟如何？關(guān)心的物種有沒(méi)有參考指標？想必大家非常感興趣，有非常多的信息需要了解！為了讓廣大用戶(hù)了解百邁客在ONT平臺上的實(shí)力，小編將不定期開(kāi)發(fā)ONT平臺的數據產(chǎn)出情況。

2019年1月下機數據（部分）

注：Species：分析的物種信息；SeqNum：各個(gè)長(cháng)度范圍內序列的數目；SumBase：指各個(gè)長(cháng)度范圍內序列的總長(cháng)度；N50Len：reads N50長(cháng)度；N90Len：readsN90長(cháng)度；MeanLen：平均reads長(cháng)度；MaxLen：最長(cháng)reads長(cháng)度；MeanQual：質(zhì)量值，準確度=1-10^(-Q/10)。

數據顯示，目前reads N50幾乎均在25 Kb以上，平均Reads N50達到了35 Kb?以上！最長(cháng)reads N50高達52.8 Kb，最長(cháng)Reads更是高達1.6 Mb,質(zhì)量值也幾乎都維持在8以上（堿基準確率~85 %）。PS: 這里的堿基準確率是指未經(jīng)過(guò)糾錯與polish的數據。當組裝后經(jīng)過(guò)糾錯與polish之后，堿基的準確度均在99.99%以上。之前小編已經(jīng)給大家科普過(guò)！

如果大家了解三代主流的組裝方法的話(huà)，相信大家一定知道，數據越長(cháng)，對組裝的幫助越大。小編截獲的數據相應的組裝情報如下

2019年1月組裝數據（部分）

注：Species：分析的物種信息；CtgNum：contig數目；CtgLen：contig總長(cháng)度；CtgN50：contigN50長(cháng)度；CtgN90：contigN90長(cháng)度；CtgMax：最長(cháng)contig長(cháng)度。

ContigN50是衡量基因組組裝好壞的一個(gè)重要指標，一定程度上來(lái)說(shuō)，contigN50值越高表示組裝的質(zhì)量越好。組裝數據表中，ONT的組裝數據中contigN50水平均在1 Mb以上（測序深度的高低會(huì )有一定的影響，為了更好組裝指標，一般建議進(jìn)行100X以上），雜合度高的物種組裝結果同樣會(huì )略遜色于其它簡(jiǎn)單物種。相較之前最強水產(chǎn)組裝結果（N50>22 Mb），ONT作物組裝N50最高值再創(chuàng )新高，達到了27 Mb?。?span style="color: #3366ff;">數據評估結果點(diǎn)擊查看）不管大家怎么看，反正小編被如此高的指標深深的震撼了，希望技術(shù)團隊再接再厲，創(chuàng )造新的記錄！

好啦，今天的介紹到此為止，欲知后事如何，且聽(tīng)小編下回分曉！

 

如果您對nanopore測序服務(wù)感興趣，歡迎點(diǎn)擊下方按鈕體驗！

 

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北京百邁客生物科技有限公司是中國大陸一家全部通過(guò) PromthION/GridION平臺及DNA/RNA樣本官方認證的公司。

截至目前為止，百邁客ONT平臺已經(jīng)建立超過(guò)上百種物種類(lèi)型的文庫，擁有大量的項目經(jīng)驗！無(wú)論是技術(shù)還是項目經(jīng)驗上，我們都實(shí)力過(guò)硬！如今越來(lái)越多可喜的結果已經(jīng)交付到各位老師的手中~

2018年，百邁客合作文章影響因子累計超過(guò)500+！Nature Genetics、Nature Communications、Molecular Plant、Gigascience…合作項目文章源源不斷！