Comprehensive genomic and phenotypic analyses reveal the genetic basis of fruit quality in litchi
研究背景
荔枝是東南亞一種重要的經(jīng)濟水果作物，以其獨特的風(fēng)味和營(yíng)養價(jià)值而聞名。荔枝起源于中國云南省，具有2000多年的栽培史，由于長(cháng)期的自然選擇和在不同氣候及種植條件下的人工育種，孕育了豐富的種質(zhì)資源，可用于性狀持續的遺傳改良。至今已有許多工作是從表型性狀來(lái)研究和評估荔枝的多樣性，然而，相應的遺傳變異未被充分的挖掘利用，尤其是能夠代表大量遺傳信息的核心種質(zhì)，群體遺傳結構不清晰，許多重要育種性狀如果實(shí)大小、風(fēng)味、種子大小等調控果實(shí)品質(zhì)的遺傳基礎仍有待深入探索。
研究?jì)热?/h4>
該研究中對來(lái)自國家荔枝種質(zhì)資源圃（廣州）從全球收集的276份具有代表性荔枝種質(zhì)資源進(jìn)行了重測序，測序深度20X，并鑒定出3450萬(wàn)個(gè)高質(zhì)量的雙等位基因SNP，構成了迄今為止荔枝（乃至整個(gè)無(wú)患子科）最全面的遺傳變異圖譜。
隨后，分析了群體結構，在基因組水平上揭示了群體之間的遺傳變異水平和親緣關(guān)系，分析表明該群體內存在四個(gè)主要亞群：YNG（云南亞群，來(lái)自云南野生、廣西大興的種質(zhì)）、HNG（海南亞群，來(lái)自海南和廣地博白的種質(zhì)）、FGG1, 和FGG2亞群（包含來(lái)自福建和部分廣東、廣西的種質(zhì)）。YNG的核苷酸多樣性低于HNG、FGG1和FGG2的，LD遺傳距離的大于其他三個(gè)亞群(圖1)。
圖1-荔枝群體結構和遺傳多樣性
通過(guò)對21個(gè)果實(shí)品質(zhì)相關(guān)性狀進(jìn)行表型分析，發(fā)現果實(shí)性狀在許多方面表現出極大的多樣性，例如果實(shí)大小、種子大小、糖酸含量等方面。進(jìn)一步并結合全基因組關(guān)聯(lián)研究，鑒定了總計460個(gè)與果實(shí)性狀顯著(zhù)相關(guān)的SNP和1,807個(gè)候選基因，其中包含大量負責調控種子和果實(shí)品質(zhì)性狀的候選基因和基因組位點(diǎn)，并篩選出了幾個(gè)與種子早期發(fā)育相關(guān)的候選基因。特別是，利用高效液相色譜（HPLC）方法測定了190個(gè)荔枝品種果實(shí)的糖組分和含量，隨后，以蔗糖和葡萄糖的含量作為性狀進(jìn)行GWAS分析，在7號染色體上檢測到一個(gè)強關(guān)聯(lián)峰這個(gè)關(guān)聯(lián)峰位于基因LITCHI009111（LcSAI）的基因體區域內，該基因編碼β-果糖呋喃苷糖酶，也稱(chēng)為轉化酶（invertase），該酶催化蔗糖分解為葡萄糖和果糖，并通過(guò)原核表達和轉基因等方法驗證了該基因的功能。通過(guò)比較LcSAI蔗糖和還原糖種質(zhì)中的差異，開(kāi)發(fā)了一個(gè)與糖組分和含量緊密連鎖的分子標記，可用于荔枝育種的早期篩選，縮短育種周期。
圖2-荔枝果實(shí)性狀表型的多樣性
圖3-LcSAI 在荔枝果實(shí)的糖分積累中的作用
研究總結
綜上所述，該研究揭示了荔枝的遺傳多樣性和群體結構，通過(guò)全面的基因組分析和表型分析，闡明了果實(shí)品質(zhì)的遺傳基礎。這些發(fā)現為理解荔枝果實(shí)品質(zhì)的遺傳基礎提供了寶貴資源和知識，為進(jìn)一步的遺傳改良貢獻了理論基礎。
英文題目：Comprehensive genomic and phenotypic analyses reveal the genetic basis of fruit quality in litchi
作者：Yan, Qian，Feng, Junting，Chen, Jiezhen，Wen, Yingjie，Jiang, Yonghua，Mai, Yingxiao，Huang, Kan，Liu, Hailun，Liu, Hongsen，Shi, Fachao，Hao, Yanwei，Cai, Changhe，Yu, Canye，Ou, Liangxi，Xia, Rui
摘要：Litchi, an economically important fruit crop in Southeast Asia, is renowned for its distinctive flavor and nutrient value, but its genetic diversity and genetic basis underlying fruit quality regulation remain largely unexplored.#We re-sequence 276 litchi accessions collected globally and identify 54 million high-quality biallelic SNPs. We then analyze the population structure and reveal four main subgroups within the population. By phenotypic profiling of 21 fruit-quality-related traits, followed with genome-wide association study, we identify a plethora of candidate genes and genomic loci that are responsible for regulating seed and fruit quality traits. In particular, we characterize and experimentally validate an invertase gene,LcSAI, encoding an enzyme catalyzing the conversion of sucrose into reducing sugars, as a key regulator of sugar composition in litchi fruit, affecting the sweetness of litchi fruits.#Our study demonstrates the genetic diversity and population structure of litchi. We delineate the genetic basis of fruit quality through comprehensive genomic analyses and phenotypic profiling. These findings provide valuable resources and knowledge for understanding the genetic basis of fruit quality in litchi, which contribute to the theoretical basis for further genetic improvement.
關(guān)鍵詞：Genetic diversity?Genetic basis?Fruit quality?Litchi (Litchi chinensisSonn.)?Invertase gene
DOI：10.1186/s13059-025-03693-5
年份：2025
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2 打開(kāi)更新結題報告選項卡：進(jìn)入參數更改設置
3 進(jìn)行參數更改設置
4 參數全部填寫(xiě)完成后，點(diǎn)擊提交
5 查看報告
6 新報告結果下載：打開(kāi)新的報告，點(diǎn)擊這份報告的右上角-項目結果下載-進(jìn)行下載結果數據，就可以得到更新的這份報告的全部結果。
注： 任務(wù)不要重復多次提交，一次建議只運行一個(gè)主流程任務(wù)，多任務(wù)并行會(huì )導致卡頓，以至運行失敗。一般正常任務(wù) 一天之內能夠分析完成，如一天之后還沒(méi)運行完成，可能就是任務(wù)失敗了，需要聯(lián)系后臺人員查看報錯原因處理。
]]>- 以下只適用于云交付的項目，線(xiàn)下交付的項目不適用
- 微生物多樣性原始數據和分析結果報告均由平臺交付
- 微生物宏基因組報告和分析結果在平臺交付，原始數據由運營(yíng)硬盤(pán)/網(wǎng)盤(pán)交付
- 微生物基因組報告和分析結果在平臺交付，原始數據由運營(yíng)硬盤(pán)/網(wǎng)盤(pán)交付
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報告查找
進(jìn)入項目管理 – 我的項目 – 打開(kāi)對應的項目
結果下載
上述報告查找頁(yè)面 – 打開(kāi)報告之后 – 點(diǎn)擊報告右上角 – 項目結果下載 – 選擇下載結果數據
結果數據較小的直接使用瀏覽器下載，較大的需要使用 ftp 下載，具體的 ftp下載指導在后續詳細介紹。
我們對于不同的產(chǎn)品對應了不同的編號加以區分，詳細如下：
報告/任務(wù)編號對應產(chǎn)品類(lèi)型：
微生物多樣性：microbial_年月日編號
微生物多樣性更新報告：Microbial_updateReport_年月日編號
無(wú)宿主宏基因組：MetaG_年月日編號
有宿主宏基因組：MetaG_宿主拉丁名_年月日編號
宏基因組更新報告：metag_updateReport_年月日編號
微生物基因組：MicroG_年月日編號數據下載：上述報告查找頁(yè)面 – 點(diǎn)擊左側數據 – 進(jìn)入相應數據文件夾
進(jìn)入 microbial_*（或者其他產(chǎn)品類(lèi)型對應的編號）對應的文件夾下 – 打開(kāi)Needed_Data 文件夾，具體需要下載的文件如下：
打開(kāi)原始數據文件夾
目前平臺不支持文件夾下載，所以需要打開(kāi)相應文件夾，全選數據后進(jìn)行打包下載。
FTP 下載指導：下載方式選擇 FTP 下載，平臺會(huì )將具體的操作步驟發(fā)到注冊郵箱賬號中，也會(huì )發(fā)到個(gè)人中心信息中，如下：
打開(kāi) FTP 客戶(hù)端：依次填寫(xiě)好上述主機，用戶(hù)名，密碼，端口信息，打開(kāi)之后選擇最新的文件夾，里面就是剛剛選中打包下載的數據，然后直接選中數據，拖拽到左邊目標文件夾中即可。
]]>建庫測序分析產(chǎn)品以結題報告的形式交給老師，報告中的分組以老師提供的分析方案為準。老師們在拿到結果后，可能會(huì )有更改樣本名、重新分組、變更聚類(lèi)參數、與其他同類(lèi)型項目合并分析等需求。其中，更改樣本名、重新分組、過(guò)濾物種或抽平可以通過(guò)更新結題報告實(shí)現（見(jiàn)更新結題報告操作指導），而改變質(zhì)控參數、添加更多樣本則需要重新投遞主流程（見(jiàn) APP 主流程投遞操作指導）。
由于原始數據為線(xiàn)下交付，不再自動(dòng)備份至云平臺，因此投遞主流程需要老師先將原始數據上傳至云平臺。本指導即為針對此需求撰寫(xiě)的云平臺操作指南。
另：主流程分析權限（標準套餐）每項目一年售后期內可以免費開(kāi)通 3 次，一次 10天，在權限時(shí)間內沒(méi)有分析次數限制，但是一次只能投遞一個(gè)任務(wù)。
上傳
1、登陸賬號后，在主頁(yè)面查看項目管理，進(jìn)入“我的數據”
2、在我的數據中，建議新建文件夾后，進(jìn)入新文件夾，點(diǎn)擊“上傳”，選擇上傳文件或 FTP 上傳。
上傳文件：選 擇 文 件 上 傳 ， 點(diǎn) 擊 “ 上 傳 ” ， 選 擇 下 載 好 的 原 始 數 據（\Needed_Data\Rawdata\01.Rawdata 路徑下的所有文件），點(diǎn)擊確定即可等待數據上傳完成。
網(wǎng)頁(yè)只能上傳 200MB 以下的數據，上傳更大的數據請點(diǎn)擊”FTP 上傳”。注：不支持上傳 0 字節文件！文件名不能包含中文及特殊字符！
FTP 上傳：數據量大于 200M 時(shí)使用 FTP 上傳數據。選擇“FTP 上傳”后彈出提示對話(huà)框，點(diǎn)擊“確定”后系統會(huì )自動(dòng)創(chuàng )建一次性的 FTP 賬戶(hù)，用于本次數據上傳。賬戶(hù)信息會(huì )發(fā)送至注冊郵箱及平臺的“個(gè)人中心——消息中心”中。依照提示操作即可。
注：數據上傳完成后需要通過(guò)中轉站中轉，不會(huì )立刻顯示在平臺中。具體時(shí)間視數據量而定，最久約半天時(shí)間，若仍找不到數據請聯(lián)系售后人員處理。
核心優(yōu)勢
純三代 vs 混合組裝的硬核數據對比（基于實(shí)測菌株組裝結果）
注意：組裝序列條數>1的為質(zhì)粒個(gè)數
技術(shù)突破亮點(diǎn)
傳統混合組裝依賴(lài)二代數據糾錯，而百邁客優(yōu)化算法直接解析三代長(cháng)讀長(cháng)數據，顯著(zhù)縮短周期、降低成本。
菌株菌實(shí)現完美環(huán)狀染色體閉合。
BUSCO完整性＞99% + 污染率≤0.08%，達到國際參考基因組標準。
為什么選擇百邁客純三代方案？
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]]>1.1適用范圍
本指南介紹百邁客動(dòng)物類(lèi)組織&核酸樣品的送樣要求及制備方法。采集送樣前請詳細閱讀。信息單中樣本名稱(chēng)、組織部位必須與實(shí)物相符，避免因信息單與實(shí)物不符導致反復核對，影響樣本質(zhì)量、錄入周期，導致提取核酸質(zhì)量不滿(mǎn)足建庫測序要求，實(shí)驗周期過(guò)長(cháng)等
1.2提取風(fēng)險提示
核酸提取質(zhì)量與物種及組織部位、樣本制備、樣本交接、提取方法與操作、以及環(huán)境等因素息息相關(guān)，尤其是三代超長(cháng)提取對樣的要求更高。組織提取時(shí)可能受到上下游處理操作的影響，因此較難保證單次提取滿(mǎn)足質(zhì)量要求，望老師知悉理解，并做好組織備份。為保障獲得相對較高質(zhì)量的核酸，請老師務(wù)必按照以下指導原則準備樣本。對于珍貴樣本或微量樣本，建議自行提取
2、組織送樣量要求
注意：未在表格出現的物種，請單獨溝通。送樣量結果展示為滿(mǎn)足提取一次的量，如樣品經(jīng)過(guò)特殊處理或樣本狀態(tài)異常有幾率影響得率，為了保證您的實(shí)驗可以順利進(jìn)行，請酌情增加送樣量
2.1常規植物組織送樣要求
| 物種 | 舉例說(shuō)明 | 核酸類(lèi)型 | 產(chǎn)品類(lèi)型 | 組織部位（g） | |||||
| 葉子 | 根 | 莖 | 花 | 果實(shí) | 種子 | ||||
| 普通禾本科植物 | 水稻 | DNA | 重測序 | 0.2 | – | – | – | – | – |
| SLAF | 0.2 | – | – | – | – | – | |||
| 甲基化 | 0.3 | 0.3 | 0.3 | 0.3 | 0.5 | 0.5 | |||
| ONT動(dòng)植物重測序 | 0.5 | – | – | – | – | – | |||
| ONT動(dòng)植物基因組 | 1 | – | – | – | – | – | |||
| PB動(dòng)植物基因組 | 1 | – | – | – | – | – | |||
| Ultra Long ONT | 2 | – | 2 | – | – | – | |||
| RNA | 全長(cháng)轉錄組（PB） | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.5 | 0.3 | ||
| 全長(cháng)轉錄組（ONT) | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.5 | 0.3 | |||
| 二代轉錄組 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.5 | 0.3 | |||
| 真核小RNA | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.5 | 0.3 | |||
| 長(cháng)鏈非編碼RNA | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.5 | 0.3 | |||
| 玉米、小麥等 | DNA | 重測序 | 0.2 | – | – | – | – | – | |
| SLAF | 0.2 | – | – | – | – | – | |||
| 甲基化 | 0.3 | 0.3 | 0.3 | 0.3 | 0.5 | 0.5 | |||
| ONT動(dòng)植物重測序 | 0.5 | – | – | – | – | – | |||
| ONT動(dòng)植物基因組 | 0.5 | – | – | – | – | – | |||
| PB動(dòng)植物基因組 | 1 | – | – | – | – | – | |||
| Ultra Long ONT | 1 | – | – | – | – | – | |||
| RNA | 全長(cháng)轉錄組（PB） | 0.1 | 0.1 | 0.1 | 0.1 | 0.3 | 0.3 | ||
| 全長(cháng)轉錄組（ONT) | 0.1 | 0.1 | 0.1 | 0.1 | 0.3 | 0.3 | |||
| 二代轉錄組 | 0.1 | 0.1 | 0.1 | 0.1 | 0.3 | 0.3 | |||
| 真核小RNA | 0.1 | 0.1 | 0.1 | 0.1 | 0.3 | 0.3 | |||
| 長(cháng)鏈非編碼RNA | 0.1 | 0.1 | 0.1 | 0.1 | 0.3 | 0.3 | |||
| 豆科草本植物 | 大豆、苜蓿、落花生等 | DNA | 重測序 | 0.2 | – | – | – | – | – |
| SLAF | 0.2 | – | – | – | – | – | |||
| 甲基化 | 0.3 | 0.3 | 0.3 | 0.3 | 0.5 | 0.5 | |||
| ONT動(dòng)植物重測序 | 0.5 | – | – | – | – | – | |||
| ONT動(dòng)植物基因組 | 1 | – | – | – | – | – | |||
| PB動(dòng)植物基因組 | 1 | – | – | – | – | – | |||
| Ultra Long ONT | 2 | – | – | – | – | – | |||
| RNA | 全長(cháng)轉錄組（PB） | 0.1 | 0.1 | 0.1 | 0.1 | 0.3 | 0.3 | ||
| 全長(cháng)轉錄組（ONT) | 0.1 | 0.1 | 0.1 | 0.1 | 0.3 | 0.3 | |||
| 二代轉錄組 | 0.1 | 0.1 | 0.1 | 0.1 | 0.3 | 0.3 | |||
| 真核小RNA | 0.1 | 0.1 | 0.1 | 0.1 | 0.3 | 0.3 | |||
| 長(cháng)鏈非編碼RNA | 0.1 | 0.1 | 0.1 | 0.1 | 0.3 | 0.3 | |||
| 芭蕉科植物 | 香蕉、芭蕉、旅人蕉等 | DNA | 重測序 | 0.2 | – | – | – | – | – |
| SLAF | 0.2 | – | – | – | – | – | |||
| 甲基化 | 0.3 | 0.3 | 0.3 | 0.3 | 0.5 | 0.5 | |||
| ONT動(dòng)植物重測序 | 0.5 | – | – | – | – | – | |||
| ONT動(dòng)植物基因組 | 1 | – | – | – | – | – | |||
| PB動(dòng)植物基因組 | 1 | – | – | – | – | – | |||
| Ultra Long ONT | 2 | – | – | – | – | – | |||
| RNA | 全長(cháng)轉錄組（PB） | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.5 | 0.3 | ||
| 全長(cháng)轉錄組（ONT) | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.5 | 0.3 | |||
| 二代轉錄組 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.5 | 0.3 | |||
| 真核小RNA | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.5 | 0.3 | |||
| 長(cháng)鏈非編碼RNA | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.5 | 0.3 | |||
| 松科植物 | 馬尾松、云杉、濕地松等 | DNA | 重測序 | 0.2 | – | – | – | – | – |
| SLAF | 0.2 | – | – | – | – | – | |||
| 甲基化 | 0.3 | 0.3 | 0.3 | 0.3 | 0.5 | 0.5 | |||
| ONT動(dòng)植物重測序 | 0.5 | – | – | – | – | – | |||
| ONT動(dòng)植物基因組 | 1 | – | – | – | – | – | |||
| PB動(dòng)植物基因組 | 1 | – | – | – | – | – | |||
| Ultra Long ONT | 2 | – | – | – | – | – | |||
| RNA | 全長(cháng)轉錄組（PB） | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.5 | 0.3 | ||
| 全長(cháng)轉錄組（ONT) | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.5 | 0.3 | |||
| 二代轉錄組 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.5 | 0.3 | |||
| 真核小RNA | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.5 | 0.3 | |||
| 長(cháng)鏈非編碼RNA | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.5 | 0.3 | |||
| 瑞香科植物 | 狼毒、結香等 | DNA | 重測序 | 0.2 | – | – | – | – | – |
| SLAF | 0.2 | – | – | – | – | – | |||
| 甲基化 | 0.3 | 0.3 | 0.3 | 0.3 | 0.5 | 0.5 | |||
| ONT動(dòng)植物重測序 | 0.5 | – | – | – | – | – | |||
| ONT動(dòng)植物基因組 | 1 | – | – | – | – | – | |||
| PB動(dòng)植物基因組 | 1 | – | – | – | – | – | |||
| Ultra Long ONT | 2 | – | – | – | – | – | |||
| RNA | 全長(cháng)轉錄組（PB） | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.5 | 0.3 | ||
| 全長(cháng)轉錄組（ONT) | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.5 | 0.3 | |||
| 二代轉錄組 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.5 | 0.3 | |||
| 真核小RNA | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.5 | 0.3 | |||
| 長(cháng)鏈非編碼RNA | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.5 | 0.3 | |||
| 薯類(lèi)植物植物 | 木薯、番薯、土豆、山藥等 | DNA | 重測序 | 0.2 | – | – | – | – | – |
| SLAF | 0.2 | – | – | – | – | – | |||
| 甲基化 | 0.3 | 0.3 | 0.3 | 0.3 | 0.5 | 0.5 | |||
| ONT動(dòng)植物重測序 | 0.5 | – | – | – | – | – | |||
| ONT動(dòng)植物基因組 | 1 | – | – | – | – | – | |||
| PB動(dòng)植物基因組 | 1 | – | – | – | – | – | |||
| Ultra Long ONT | 1.5 | – | – | – | – | – | |||
| RNA | 全長(cháng)轉錄組（PB） | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.5 | 0.5 | ||
| 全長(cháng)轉錄組（ONT) | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.5 | 0.5 | |||
| 二代轉錄組 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.5 | 0.5 | |||
| 真核小RNA | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.5 | 0.5 | |||
| 長(cháng)鏈非編碼RNA | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.5 | 0.5 | |||
| 其他落葉喬木 | 楊樹(shù)、梧桐、懸鈴木等 | DNA | 重測序 | 0.2 | – | – | – | – | – |
| SLAF | 0.2 | – | – | – | – | – | |||
| 甲基化 | 0.3 | 0.3 | 0.3 | 0.3 | 0.5 | 0.5 | |||
| ONT動(dòng)植物重測序 | 0.5 | – | – | – | – | – | |||
| ONT動(dòng)植物基因組 | 1 | – | – | – | – | – | |||
| PB動(dòng)植物基因組 | 1 | – | – | – | – | – | |||
| Ultra Long ONT | 2 | – | – | – | – | – | |||
| RNA | 全長(cháng)轉錄組（PB） | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.5 | 0.5 | ||
| 全長(cháng)轉錄組（ONT) | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.5 | 0.5 | |||
| 二代轉錄組 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.5 | 0.5 | |||
| 真核小RNA | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.5 | 0.5 | |||
| 長(cháng)鏈非編碼RNA | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.5 | 0.5 | |||
| 水果類(lèi) | 葡萄、檸檬、龍眼等 | DNA | 重測序 | 0.2 | – | – | – | – | – |
| SLAF | 0.2 | – | – | – | – | – | |||
| 甲基化 | 0.3 | 0.3 | 0.3 | 0.3 | 0.5 | 0.5 | |||
| ONT動(dòng)植物重測序 | 0.5 | – | – | – | – | – | |||
| ONT動(dòng)植物基因組 | 1 | – | – | – | – | – | |||
| PB動(dòng)植物基因組 | 1 | – | – | – | – | – | |||
| Ultra Long ONT | 1.5 | – | – | – | – | – | |||
| RNA | 全長(cháng)轉錄組（PB） | 0.1 | 0.1 | 0.1 | 0.1 | 1 | 0.5 | ||
| 全長(cháng)轉錄組（ONT) | 0.1 | 0.1 | 0.1 | 0.1 | 1 | 0.5 | |||
| 二代轉錄組 | 0.1 | 0.1 | 0.1 | 0.1 | 1 | 0.5 | |||
| 真核小RNA | 0.1 | 0.1 | 0.1 | 0.1 | 1 | 0.5 | |||
| 長(cháng)鏈非編碼RNA | 0.1 | 0.1 | 0.1 | 0.1 | 1 | 0.5 | |||
| 薔薇科 | 桃、蘋(píng)果、梨、草莓等 | DNA | 重測序 | 0.2 | – | – | – | – | – |
| SLAF | 0.2 | – | – | – | – | – | |||
| 甲基化 | 0.3 | 0.3 | 0.3 | 0.3 | 0.5 | 0.5 | |||
| ONT動(dòng)植物重測序 | 0.5 | – | – | – | – | – | |||
| ONT動(dòng)植物基因組 | 1 | – | – | – | – | – | |||
| PB動(dòng)植物基因組 | 1 | – | – | – | – | – | |||
| Ultra Long ONT | 1.5 | – | – | – | – | – | |||
| RNA | 全長(cháng)轉錄組（PB） | 0.1 | 0.1 | 0.1 | 0.1 | 1 | 0.5 | ||
| 全長(cháng)轉錄組（ONT) | 0.1 | 0.1 | 0.1 | 0.1 | 1 | 0.5 | |||
| 二代轉錄組 | 0.1 | 0.1 | 0.1 | 0.1 | 1 | 0.5 | |||
| 真核小RNA | 0.1 | 0.1 | 0.1 | 0.1 | 1 | 0.5 | |||
| 長(cháng)鏈非編碼RNA | 0.1 | 0.1 | 0.1 | 0.1 | 1 | 0.5 | |||
| 物種 | 舉例說(shuō)明 | 核酸類(lèi)型 | 產(chǎn)品類(lèi)型 | 組織部位（g） | |||||
| 葉子 | 根 | 莖 | 花 | 果實(shí) | 種子 | ||||
| 中藥 | 人參、三七、何首烏等 | DNA | 重測序 | 0.3 | – | – | – | – | – |
| SLAF | 0.3 | – | – | – | – | – | |||
| 甲基化 | 0.3 | 0.3 | 0.3 | 0.3 | 0.5 | 0.5 | |||
| ONT動(dòng)植物重測序 | 0.5 | – | – | – | – | – | |||
| ONT動(dòng)植物基因組 | 1 | – | – | – | – | – | |||
| PB動(dòng)植物基因組 | 1.5 | – | – | – | – | – | |||
| Ultra Long ONT | 2 | – | – | – | – | – | |||
| RNA | 全長(cháng)轉錄組（PB） | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.5 | 0.5 | ||
| 全長(cháng)轉錄組（ONT) | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.5 | 0.5 | |||
| 二代轉錄組 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.5 | 0.5 | |||
| 真核小RNA | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.5 | 0.5 | |||
| 長(cháng)鏈非編碼RNA | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.5 | 0.5 | |||
| 仙人掌科 | 火龍果、仙人掌（取外皮）等 | DNA | 重測序 | 0.5 | – | – | – | – | – |
| SLAF | 0.5 | – | – | – | – | – | |||
| 甲基化 | 0.5 | 0.5 | 0.5 | 0.5 | 0.5 | 0.5 | |||
| ONT動(dòng)植物重測序 | 1 | – | – | – | – | – | |||
| ONT動(dòng)植物基因組 | 1.5 | – | – | – | – | – | |||
| PB動(dòng)植物基因組 | 2 | – | – | – | – | – | |||
| Ultra Long ONT | 2 | – | – | – | – | – | |||
| RNA | 全長(cháng)轉錄組（PB） | 0.5 | 0.3 | 0.5 | 0.15 | 0.5 | 0.5 | ||
| 全長(cháng)轉錄組（ONT) | 0.5 | 0.3 | 0.5 | 0.15 | 0.5 | 0.5 | |||
| 二代轉錄組 | 0.5 | 0.3 | 0.5 | 0.15 | 0.5 | 0.5 | |||
| 真核小RNA | 0.5 | 0.3 | 0.5 | 0.15 | 0.5 | 0.5 | |||
| 長(cháng)鏈非編碼RNA | 0.5 | 0.3 | 0.5 | 0.15 | 0.5 | 0.5 | |||
| 蒺藜科 | 白刺 | DNA | 重測序 | 0.5 | – | – | – | – | – |
| SLAF | 0.5 | – | – | – | – | – | |||
| 甲基化 | 0.5 | 0.5 | 0.5 | 0.5 | 0.5 | 0.5 | |||
| ONT動(dòng)植物重測序 | 1 | – | – | – | – | – | |||
| ONT動(dòng)植物基因組 | 1.5 | – | – | – | – | – | |||
| PB動(dòng)植物基因組 | 2 | – | – | – | – | – | |||
| Ultra Long ONT | 2 | – | – | – | – | – | |||
| RNA | 全長(cháng)轉錄組（PB） | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.5 | 0.3 | ||
| 全長(cháng)轉錄組（ONT) | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.5 | 0.3 | |||
| 二代轉錄組 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.5 | 0.3 | |||
| 真核小RNA | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.5 | 0.3 | |||
| 長(cháng)鏈非編碼RNA | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.5 | 0.3 | |||
| 獼猴桃科 | 獼猴桃 | DNA | 重測序 | 0.5 | – | – | – | – | – |
| 外顯子 | 0.3 | – | – | – | – | – | |||
| 甲基化 | 0.5 | 0.5 | 0.5 | 0.5 | 0.5 | 0.5 | |||
| ONT動(dòng)植物重測序 | 1 | – | – | – | – | – | |||
| ONT動(dòng)植物基因組 | 1.5 | – | – | – | – | – | |||
| PB動(dòng)植物基因組 | 2 | – | – | – | – | – | |||
| Ultra Long ONT | 2 | – | – | – | – | – | |||
| RNA | 全長(cháng)轉錄組（PB） | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.5 | 0.3 | ||
| 全長(cháng)轉錄組（ONT) | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.5 | 0.3 | |||
| 二代轉錄組 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.5 | 0.3 | |||
| 真核小RNA | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.5 | 0.3 | |||
| 長(cháng)鏈非編碼RNA | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.5 | 0.3 | |||
| 大型真菌 | 蘑菇，靈芝，木耳等 | DNA | 重測序 | 0.3 | – | – | – | – | – |
| 外顯子 | 0.3 | – | – | – | – | – | |||
| 甲基化 | 0.5 | – | – | – | – | – | |||
| ONT動(dòng)植物重測序 | 1 | – | – | – | – | – | |||
| ONT動(dòng)植物基因組 | 1.5 | – | – | – | – | – | |||
| PB動(dòng)植物基因組 | 2 | – | – | – | – | – | |||
| Ultra Long ONT | – | – | – | – | – | – | |||
| RNA | 全長(cháng)轉錄組（PB） | 0.5 | – | – | – | – | – | ||
| 全長(cháng)轉錄組（ONT) | 0.5 | – | – | – | – | – | |||
| 二代轉錄組 | 0.5 | – | – | – | – | – | |||
| 真核小RNA | 0.5 | – | – | – | – | – | |||
| 長(cháng)鏈非編碼RNA | 0.5 | – | – | – | – | – | |||
| 殼斗科 | 板栗、櫟樹(shù)、 青岡等 | DNA | 重測序 | 0.5 | – | – | – | – | – |
| 外顯子 | 0.5 | – | – | – | – | – | |||
| 甲基化 | 0.5 | 0.5 | 0.5 | 0.5 | 0.5 | 0.5 | |||
| ONT動(dòng)植物重測序 | 1 | – | – | – | – | – | |||
| ONT動(dòng)植物基因組 | 1.5 | – | – | – | – | – | |||
| PB動(dòng)植物基因組 | 2 | – | – | – | – | – | |||
| Ultra Long ONT | 2 | – | – | – | – | – | |||
| RNA | 全長(cháng)轉錄組（PB） | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.3 | 0.3 | ||
| 全長(cháng)轉錄組（ONT) | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.3 | 0.3 | |||
| 二代轉錄組 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.3 | 0.3 | |||
| 真核小RNA | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.3 | 0.3 | |||
| 長(cháng)鏈非編碼RNA | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.3 | 0.3 | |||
| 槭樹(shù)科 | 雞爪槭，元寶槭，糖槭等 | DNA | 重測序 | 0.5 | – | – | – | – | – |
| 外顯子 | 0.5 | – | – | – | – | – | |||
| 甲基化 | 0.5 | 0.5 | 0.5 | 0.5 | 0.5 | 0.5 | |||
| ONT動(dòng)植物重測序 | 1 | – | – | – | – | – | |||
| ONT動(dòng)植物基因組 | 1.5 | – | – | – | – | – | |||
| PB動(dòng)植物基因組 | 2 | – | – | – | – | – | |||
| Ultra Long ONT | 2 | – | – | – | – | – | |||
| RNA | 全長(cháng)轉錄組（PB） | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | – | 0.3 | ||
| 全長(cháng)轉錄組（ONT) | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | – | 0.3 | |||
| 二代轉錄組 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | – | 0.3 | |||
| 真核小RNA | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | – | 0.3 | |||
| 長(cháng)鏈非編碼RNA | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | – | 0.3 | |||
| 錦葵科 | 蜀葵，秋葵 | DNA | 重測序 | 0.5 | – | – | – | – | – |
| 外顯子 | 0.5 | – | – | – | – | – | |||
| 甲基化 | 0.5 | 0.5 | 0.5 | 0.5 | 0.5 | 0.5 | |||
| ONT動(dòng)植物重測序 | 1 | – | – | – | – | – | |||
| ONT動(dòng)植物基因組 | 1 | – | – | – | – | – | |||
| PB動(dòng)植物基因組 | 1.5 | – | – | – | – | – | |||
| Ultra Long ONT | 2 | – | – | – | – | – | |||
| RNA | 全長(cháng)轉錄組（PB） | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.5 | 0.3 | ||
| 全長(cháng)轉錄組（ONT) | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.5 | 0.3 | |||
| 二代轉錄組 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.5 | 0.3 | |||
| 真核小RNA | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.5 | 0.3 | |||
| 長(cháng)鏈非編碼RNA | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.5 | 0.3 | |||
| 石斛 | 石斛（干樣、炮制） | DNA | 重測序 | 0.5 | – | – | – | – | – |
| 外顯子 | 0.5 | – | – | – | – | – | |||
| 甲基化 | 0.5 | 0.5 | 0.5 | 0.5 | 0.5 | 0.5 | |||
| ONT動(dòng)植物重測序 | 1 | – | – | – | – | – | |||
| ONT動(dòng)植物基因組 | 1.5 | – | – | – | – | – | |||
| PB動(dòng)植物基因組 | 2 | – | – | – | – | – | |||
| Ultra Long ONT | 2 | – | – | – | – | – | |||
| RNA | 全長(cháng)轉錄組（PB） | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.3 | 0.3 | ||
| 全長(cháng)轉錄組（ONT) | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.3 | 0.3 | |||
| 二代轉錄組 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.3 | 0.3 | |||
| 真核小RNA | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.3 | 0.3 | |||
| 長(cháng)鏈非編碼RNA | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.15 | 0.3 | 0.3 | |||
| 藻類(lèi) | 海帶、紫菜、微藻、海藻、抑食金球藻 | DNA | 重測序 | 0.5 | – | – | – | – | – |
| 外顯子 | 0.5 | – | – | – | – | – | |||
| 甲基化 | 0.5 | 0.5 | 0.5 | 0.5 | 0.5 | 0.5 | |||
| ONT動(dòng)植物重測序 | 1 | – | – | – | – | – | |||
| ONT動(dòng)植物基因組 | 1.5 | – | – | – | – | – | |||
| PB動(dòng)植物基因組 | 2 | – | – | – | – | – | |||
| Ultra Long ONT | – | – | – | – | – | – | |||
| RNA | 全長(cháng)轉錄組（PB） | 0.2 | 0.2 | 0.2 | – | – | – | ||
| 全長(cháng)轉錄組（ONT) | 0.2 | 0.2 | 0.2 | – | – | – | |||
| 二代轉錄組 | 0.2 | 0.2 | 0.2 | – | – | – | |||
| 真核小RNA | 0.2 | 0.2 | 0.2 | – | – | – | |||
| 長(cháng)鏈非編碼RNA | 0.2 | 0.2 | 0.2 | – | – | – | |||
3、核酸送樣要求
1)核酸送樣需要提供相關(guān)檢測結果，DNA類(lèi)核酸可提供以下檢測手段中的一種或多種檢測結果： Qubit、 NanoDrop、 AGE，同時(shí)請采取適當的純化方法，以避免多糖、多酚、蛋白或者核酸酶對DNA樣品的污染，并詳細注明溶解DNA所使用的溶解液類(lèi)型
2)如果您開(kāi)展的實(shí)驗項目為miRNA的相關(guān)實(shí)驗，并且提供的是總RNA的樣本，請務(wù)必確認您采用的總RNA的提取方法保留了小RNA （ 包括miRNA），提取試劑盒型號備注送樣信息單中
3.1二代DNA送樣量要求
| 產(chǎn)品類(lèi)型 | SLAF | 重測序 | 甲基化 | 外顯子 | FFPE | PCR產(chǎn)物 | PCR-free | chip-seq |
| 濃度ng/ul | 5 | 1 | 5 | 6 | 14 | 0.6 | 40 | 1 |
| 總量ug | 1.5 | 0.1 | 1 | 0.1 | 0.25 | 0.1 | 1 | 0.06 |
| 體積ul | 15 | 15 | 15 | 15 | 20 | 15 | 15 | 15 |
3.2三代DNA送樣量要求
| 產(chǎn)品類(lèi)型 | ONT動(dòng)植物重測序 | ONT動(dòng)植物基因組 | PB動(dòng)植物基因組 | 超長(cháng) |
| 濃度ng/ul | 40 | 100 | 50 | 50 |
| 總量ug | 4 | 10 | 15 | 15 |
| 體積ul | 15 | 15 | 15 | 50 |
3.3RNA類(lèi)送樣量要求
1)針對核酸有雜質(zhì)、污染、粘稠、顏色等情況，需要過(guò)柱純化后送樣或者酌情增加送樣量
2)核酸樣品建議使用1.5ml、2ml EP管裝載樣品，其他保存管容易破裂且不利于保存樣品和后續實(shí)驗的開(kāi)展
3)為了防止樣品污染和混淆，禁止使用96孔板和深孔板裝載樣品
4)用乙醇沉淀的樣品由于運輸中會(huì )有少量乙醇揮發(fā)，建議將樣品管蓋用封口膜纏繞4-5圈
5)考慮到核酸可能存在含有雜質(zhì)、顏色等物質(zhì)導致會(huì )產(chǎn)生大量損失的風(fēng)險，為保證樣本一次檢測合格并節約寶貴的重送樣時(shí)間，送樣建議量是高于公司判定標準的，請在核酸量足夠的前提下盡量按照送樣建議來(lái)送樣
| 項目類(lèi)型 | 初檢結果（濃度、體積、純度） | 樣品狀態(tài) | ||
| 濃度（ng/ul） | 總量（ug） | 體積(ul) | ||
| 全長(cháng)轉錄組（PB） | 100 | 1 | 15 | 正常 |
| 全長(cháng)轉錄組（ONT) | 100 | 1 | 15 | 正常 |
| 二代轉錄組 | 20 | 1 | 15 | 正常 |
| 真核小RNA | 80 | 1 | 15 | 正常 |
| 長(cháng)鏈非編碼RNA | 80 | 1 | 15 | 正常 |
4、樣品制備保存指南
4.1常規植物類(lèi)樣本（不含藻類(lèi)）制備流程
由于老葉或其它組織DNA&RNA含量可能較低，而次生代謝物含量一般相對較高，因此，為降低DNA&RNA提取難度并減少污染物干擾，請盡量選擇健康、幼嫩的葉片組織；不建議選擇易帶有寄生或共生生物的組織，以及不易清洗和研磨的根、莖等組織致密的器官。另外藻類(lèi)組織中的水分會(huì )影響提取得率，取樣時(shí)需將組織樣中的水分吸干。建議在采集樣本之前，將樣本置于黑暗環(huán)境24-48小時(shí)后再制備樣本（停止光合作用，減少代謝干擾），新鮮組織樣采樣流程如下：
1)用清水將材料表面的灰塵及泥土沖洗干凈，吸干，再從植物體上取下新鮮組織（注：如果是需要進(jìn)行處理，請在活體上進(jìn)行處理后再取樣
2)如果組織體積較大，將組織剪切成 50-100 mg小塊,約黃豆大小的小塊,放入提前準備好的凍存管中
3)處理好的組織樣本混合均勻后立即保存于提前標記編號、液氮預冷的2 mL 或更大體積的旋蓋凍存管中，根據組織樣本量選擇核酸凍存管
4)液氮凍存前將樣品分割成 50~100 mg 左右的小塊，處理好的組織樣本混合均勻后保存于提前標記編號、液氮預冷的2 mL 或更大體積的旋蓋凍存管中，根據組織樣本量選擇核酸凍存管
5)迅速置于液氮中冷凍 1~2 h，然后按照順序依次放入樣品盒中（不建議自封袋送樣），轉移至-80 °C長(cháng)期保存（禁止亂放，尤其是項目中樣品個(gè)數較多時(shí)），干冰運輸
注：植物組織不建議使用組織保護液保存。對于一些需要剝去種皮處理的，因樣品速凍后無(wú)法準確剔除，如有需要剝去種皮的老師須自行操作
4.2Ultra Long ONT類(lèi)植物樣本
4.2.1植物組織選取及取樣步驟
1)準備剪刀、鑷子、錫箔紙，選取新鮮幼嫩的組織， 例如幼嫩的葉片（也可以是新長(cháng)出的幼嫩根尖）
2)除去枯萎的，損傷的部分，除去莖，葉柄和粗的葉脈
3)將組織清理干凈，可放在容器中用水沖洗，除去雜質(zhì)和其他殘余碎片
4)將清洗干凈的樣本倒在吸水紙上，再蓋上一張吸水紙用手輕輕壓幾次（注意不要太用力損傷 葉片），水盡可能除去
5)將葉片稱(chēng)量一下，每0.5g/管（推薦使用 50ml 離心管）裝好，標注樣本名稱(chēng)，日期，準確重量
6)放入液氮快速冷凍 10min，轉入-80 °C 冰箱保存，干冰運輸
7)葉片剪下后的稱(chēng)量等操作，請在 10min 內完成，時(shí)間過(guò)長(cháng)會(huì )導致葉片失水不可用，部分地區氣溫較高失水更快，操作時(shí)間需更短
4.2.2注意事項與說(shuō)明
1)葉片要幼嫩的、新鮮的 、完整的（不要有損傷），可用手對比老葉和嫩葉的觸感，嫩葉的觸感非常柔軟
2)林木 、灌木類(lèi)的請根據生長(cháng)周期來(lái)確定采樣時(shí)間， 最好是發(fā)芽后長(cháng)出來(lái)的嫩葉
3)禾本科黃化苗 1-2 周，最好有專(zhuān)門(mén)的黃化經(jīng)驗，黃化太過(guò)會(huì )造成細胞核難提取 。如果不會(huì )黃化就送 1-2 周剛長(cháng)出來(lái)的葉片，具體生長(cháng)時(shí)間需根據植物的生長(cháng)狀態(tài)判斷
4)組培苗，不建議直接使用，盡量移植到土壤中培育出植株，取新長(cháng)出的幼嫩葉片，若使用組培苗送樣，請客戶(hù)多準備備份樣本
5)送樣前請拍照記錄樣品狀態(tài)
5、注意事項
核酸提取質(zhì)量與物種及組織部位、采集方法及保存狀態(tài)、提取方法及操作、實(shí)驗器材及環(huán)境等因素均有密不可分的聯(lián)系，尤其是三代超長(cháng)提取對樣本的質(zhì)量、總量要求更高，望知悉及理解，并做好樣本備份。為了保障獲得高質(zhì)量的核酸，請務(wù)必按照送樣手冊所規定的準備樣本。對珍貴樣本或者微量樣本，建議自行提取
1)組織速凍時(shí)間：組織離體后，胞內核酸便開(kāi)始降解，尤其是 RNA，故采集時(shí)，目的組織離體后，需立即速凍，建議 3min 內完成，越快越好。速凍時(shí)間過(guò)短會(huì )導致速凍不徹底，核酸有降解風(fēng)險
2)組織送樣量：建議送樣量適用于 95%的物種組織，少部分組織因胞內核酸量較低，需適當增加送樣量，比如動(dòng)物皮膚、毛發(fā)等。請嚴格按照上方組織送樣量要求送樣，送樣量過(guò)少或過(guò)多均不利于提取實(shí)驗。采樣量較少會(huì )導致提取的核酸總量、濃度不合格，采樣量過(guò)多反而會(huì )造成速凍不徹底、提取取樣困難、凍融降解等危險
3)組織狀態(tài)：不建議送組織狀態(tài)差或非生長(cháng)旺盛期樣品，核酸有一定幾率降解
4)組織保存管的選擇：所有組織樣品務(wù)必使用離心管或螺紋管保存，切勿直接裝入密封袋（低溫凍脆易破裂，導致樣品泄露，交叉污染）保存
5)組織樣品保存方法選擇：首選液氮速凍；沒(méi)有液氮條件的，可直接放入-80℃冰箱凍存。未使用液氮速凍或液氮速凍時(shí)間過(guò)短都有一定幾率導致核酸降解
6)組織送樣方式的選擇：干冰運輸，且需要保證干冰的充足，冰袋和常溫送樣，有幾率導致核酸的降解。除RNA類(lèi)樣品可使用RNAlater保存送樣，其余產(chǎn)品均建議送速凍組織，不建議使用保護液送樣，化開(kāi)離心會(huì )有幾率導致核酸降解；不建議酒精送樣，固定不徹底，有一定幾率殘留核酸酶，降解核酸
7)凍融組織： 組織凍存后，一旦凍融，核酸降解概率大于 80%，幾乎不可能提取成功，此類(lèi)組織不建議送樣。請各位老師送樣前注意組織保存狀態(tài)， 確保組織未發(fā)生過(guò)凍融情況
8)帶血組織：由于血液沒(méi)有專(zhuān)業(yè)的保護劑，去除不凈一起速凍送樣會(huì )影響組織的完整性
9)長(cháng)年保存的組織：保存時(shí)間超過(guò)一年的組織不建議送樣
10)組織分離要求：正常組織樣本中不能含有病變組織，而病變組織樣本中也不可以?shī)A帶有正常組織，提取實(shí)驗時(shí)無(wú)法精確取樣，無(wú)法稱(chēng)重。組織量過(guò)多的不能全部取樣，只隨機選取適量組織提取
11)對于同一個(gè)組織樣品需要同時(shí)提取 DNA和 RNA 的，請務(wù)必分成兩管分批次送樣。樣本的特殊處理包括：鹽處理、溫度處理、藥物處理、病毒侵染、傷害處理、干旱處理等脅迫處理方式，不同程度的處理對樣本的核酸質(zhì)量會(huì )造成不同程度的影響，常見(jiàn)的會(huì )導致核酸 的降解或者得率降低。因此，經(jīng)過(guò)特殊處理的樣本，在送樣時(shí)，務(wù)必請在樣本信息單中進(jìn)行詳細的備注，以便盡量提高提取的成功率和避免樣本的浪費
6、不合格樣品存在風(fēng)險
6.1樣本總量不足、濃度過(guò)低存在風(fēng)險
1)文庫構建失敗
2)文庫產(chǎn)量低不能上機測序或測序數據量不足
3)導致數據隨機性異常
4)數據質(zhì)量差
6.2降解樣本風(fēng)險
1)文庫構建失敗
2)文庫產(chǎn)量低不能上機測序或測序數據量不足
3)導致數據隨機性異常
4)數據質(zhì)量差
5)導致數據duplication比例高、隨機性差
6)導致Small RNA rRNA比例高，影響有效數據，文庫片段異常
6.3蛋白或其他雜質(zhì)污染
1)可能影響Small RNA電泳分離，造成切膠不準，影響問(wèn)題質(zhì)量
2)可能影響RNA-seq磁珠分離導致建庫失敗，或即使達到上機要求也可能導致文庫隨機性差等問(wèn)題
3)文庫構建失敗
4)文庫產(chǎn)量低不能上機測序或測序數據量不足
6.4目標RNA含量低
1)總RNA達到要求，但由于樣本特異性，small RNA含量低于正常樣本，導致建庫失敗
2)總RNA達到要求，但由于處理或組織部位的特異性，mRNA降解或含量低，導致建庫失敗或者測序數據中rRNA 數據比例高
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