Nanopore測序數據展示|基因組

Biomarker — Fri, 10 May 2019 10:44:33 +0000

三代測序儀以其超長(cháng)讀長(cháng)的優(yōu)勢，在基因組組裝中備受青睞，目前廣泛應用的是PacBio三代單分子熒光測序和Nanopore三代單分子納米孔測序，因Nanopore測序讀長(cháng)更長(cháng)且通量高的特點(diǎn)，近幾年在基因組組裝應用中嶄露頭角，先后在Nature Biotechnology上發(fā)表了人的基因組、Plant cell上發(fā)表了野生番茄基因組、Nature Genetics上發(fā)表了高粱基因組等等，測序技術(shù)已相當成熟。

百邁客自2017年3月開(kāi)啟ONT平臺研發(fā)立項，2018年8月又引進(jìn)2臺高通量測序儀PromethION。截至目前，百邁客已經(jīng)構建將近200個(gè)物種的文庫，組裝近百個(gè)物種，從測序到分析已經(jīng)擁有相當豐富的經(jīng)驗。今天小編拿到了新鮮出爐的數據結果，忍不住和大家一起分享~~

ONT測序結果展示

作物類(lèi)（部分）

林木類(lèi)（部分）

動(dòng)物（部分）

水產(chǎn)（部分）

中藥材（部分）

注：Species：分析的物種信息；SeqNum：各個(gè)長(cháng)度范圍內序列的數目；SumBase：指各個(gè)長(cháng)度范圍內序列的總長(cháng)度；N50Len：reads N50長(cháng)度；N90Len：readsN90長(cháng)度；MeanLen：平均reads長(cháng)度；MaxLen：最長(cháng)reads長(cháng)度；MeanQual：質(zhì)量值。

以上是總結的部分作物類(lèi)、林木類(lèi)、動(dòng)物、水產(chǎn)和中藥材的下機數據結果展示，從以上的數據不難看出，平均raeds長(cháng)度幾乎均在20Kb以上，最長(cháng)reads高達1.6Mb以上（不同樣品DNA抽提難易程度不同，會(huì )造成一定的影響）。

基因組組裝結果展示

上表中最后一列MeanQual就是下機數據的質(zhì)量值，與堿基準確度的換算公式為：準確度 = 1-10^(-Q/10)，經(jīng)計算? Nanopore下機數據單堿基的平均準確率約為86%左右，這樣經(jīng)過(guò)校正的數據再用Canu、SMARTdenovo、WTDBG等軟件進(jìn)行基因組的組裝，再經(jīng)過(guò)二代數據的polish之后，堿基的準確度可達到99.99%以上呢！

廢話(huà)少說(shuō)，直接上組裝結果！

植物（部分）

動(dòng)物（部分）

注：Species：分析的物種信息；CtgNum：contig數目；CtgLen：contig總長(cháng)度；CtgN50：contigN50長(cháng)度；CtgN90：contigN90長(cháng)度；CtgMax：最長(cháng)contig長(cháng)度；GC(%)：GC含量占比。

從上表中的組裝結果展示，ContigN50平均達到了Mb級別（測序深度對Contig深度也是有一定影響的）Contig N50最長(cháng)高達26.9Mb。組裝連續性還不錯，但是基因完整性怎樣呢？不妨再看一下評估結果吧~組裝評估結果

BUSCO評估結果（部分物種）

注：物種：分析的物種信息；Complete BUSCOs：找到完整基因數；Complete and single-copy BUSCOs：其中單拷貝基因數；Complete and duplicated BUSCOs：多拷貝基因數；Fragmented BUSCOs：預測不完整基因數；Missing BUSCOs：沒(méi)有預測出來(lái)的基因數。

評估結果顯示基因完整度均在90%以上??！說(shuō)明Nanopore數據的組裝連續性和完整性都是非常好的，是值得廣大科研工作者信賴(lài)的哦！

百邁客ONT平臺發(fā)展歷程

百邁客在Nanopore測序方面已經(jīng)積累了大量的經(jīng)驗，也是中國大陸一家全部通過(guò)PromthION/GridION平臺及DNA/RNA樣本官方認證的公司！若您對Nanopore測序感興趣，可隨時(shí)與我們聯(lián)系，我們將為您提供免費的方案，助力您的科研之行！

最新數據 – 百邁客生物

Nanopore測序數據展示|基因組

ONT測序結果展示

作物類(lèi)（部分）

林木類(lèi)（部分）

動(dòng)物（部分）

水產(chǎn)（部分）

中藥材（部分）

基因組組裝結果展示

廢話(huà)少說(shuō)，直接上組裝結果！

植物（部分）

動(dòng)物（部分）

注：Species：分析的物種信息；CtgNum：contig數目；CtgLen：contig總長(cháng)度；CtgN50：contigN50長(cháng)度；CtgN90：contigN90長(cháng)度；CtgMax：最長(cháng)contig長(cháng)度；GC(%)：GC含量占比。

百邁客ONT平臺發(fā)展歷程

廢話(huà)少說(shuō)，直接上組裝結果！

注：Species：分析的物種信息；CtgNum：contig數目；CtgLen：contig總長(cháng)度；CtgN50：contigN50長(cháng)度；CtgN90：contigN90長(cháng)度；CtgMax：最長(cháng)contig長(cháng)度；GC(%)：GC含量占比。